R语言 graphite包 runTopologyGSA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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runTopologyGSA(graphite)
runTopologyGSA()所属R语言包：graphite

                                         Run topological analysis on expression dataset using topologyGSA. See topologyGSA.
                                         运行表达使用topologyGSA集拓扑分析。看到topologyGSA。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Use graphical models to test the pathway components highlighting those involved in its deregulation.
使用图形化的模型来测试组件，突出参与其放松管制的途径。


用法----------Usage----------


runTopologyGSA(pathway, test, exp1, exp2, ...)



参数----------Arguments----------

参数：pathway
One of the pathways contained in biocarta, kegg,nci or reactome.  
所载，在biocarta KEGG，NCI或reactome的的途径之一。


参数：test
Either "var" and "mean". Determine the type of test used by topologyGSA.  
要么"var"和"mean"。确定测试topologyGSA使用。


参数：exp1
Experiment matrix of the first class, genes in columns.  
一流的实验矩阵，列中的基因。


参数：exp2
Experiment matrix of the second class, genes in columns.  
第二类实验矩阵，列中的基因。


参数：...
Additional parameters.  
额外的参数。


Details

详情----------Details----------

This function produces a warning and returns NULL when the number of genes in common between the expression matrices and the pathway is less than 3.
此功能会产生一个警告和一些共同的基因表达矩阵和途径之间是小于3时返回NULL。


参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

pathway.var.test pathway.mean.test
pathway.var.testpathway.mean.test


举例----------Examples----------


if (require(topologyGSA)) {
  data(examples)

  p <- convertIdentifiers(kegg[["Fc epsilon RI signaling pathway"]], "symbol")
  runTopologyGSA(p, "var", exp1, exp2, 0.05)
}

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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