R语言 graphite包 prepareSPIA()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

prepareSPIA(graphite)
prepareSPIA()所属R语言包：graphite

                                         Prepare pathway dataset needed by runSPIA.
                                         准备通路集由runSPIA需要。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Prepare pathway dataset needed by runSPIA. See runSPIA and spia for more details.
准备通路集由runSPIA需要。详情请参阅runSPIA和spia。


用法----------Usage----------


prepareSPIA(db, pathwaySetName, print.names = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：db
A list of pathways like biocarta, kegg,nci or reactome.  
列表一个，像biocarta，KEGG，NCI或reactome的的途径。


参数：pathwaySetName
Name of the pathway set in output.  
在输出设置通路的名称。


参数：print.names
The verbose option.  
verbose选项。


Details

详情----------Details----------

It is required to run this function before runSPIA to prepare the pathway set as required by runSPIA.
它需要运行此功能之前runSPIA准备设置为runSPIA需要的途径。


参考文献----------References----------

Kusanovic JP, Romero R. A novel signaling pathway impact analysis. Bioinformatics. 2009 Jan 1;25(1):75-82.
Microarray Experiments, 2008, Bioinformatics, 2009, 25(1):75-82.
A systems biology approach for pathway level analysis. Genome Research, 17, 2007.

参见----------See Also----------

runSPIA
runSPIA

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注：
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