R语言 GraphAT包 getpvalue()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getpvalue(GraphAT)
getpvalue()所属R语言包：GraphAT

                                        Function to obtain P values from the Edge permutation and Node
                                         函数来获取从边缘排列和节点P值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function takes as inputs two adjacency matrices. Let X denote the observed number of  edges in common between the two adjacency matrices.  To test the significance of the correlation between the two data sources, the function performs N random edge permutations and random node permutations respectively. For each permutation test, the function
该函数有两个邻接矩阵作为输入。设X表示两者之间的邻接矩阵的共同边观察。为了测试两个数据源之间的相关性的意义，功能执行，分别为N个随机的边缘排列和随机节点排列。对于每个置换试验，功能


用法----------Usage----------


getpvalue(act.mat, nonact.mat, num.iterations = 1000)



参数----------Arguments----------

参数：act.mat
Adjacency matrix corresponding to first data source. That is, the i,j element of this matrix is 1 if data source one specifies a functional link between genes i and j  
第一个数据源对应的邻接矩阵。也就是说，我这个矩阵的元素，J是1数据来源之一，如果指定一个基因功能之间的联系，i和j


参数：nonact.mat
Adjacency matrix corresponding to first data source. That is, the i,j element of this matrix is 1 if data source two specifies a functional link between genes i and j
第一个数据源对应的邻接矩阵。也就是说，我这个矩阵的元素，J为1，如果数据源中指定一个基因功能之间的联系，i和j


参数：num.iterations
Number of realizations from random edge (node) permutation to be obtained
实现从随机边缘的数量（节点）置换获得


Details

详情----------Details----------

We note that the first adjacency matrix, denoted act.mat is
我们注意到，第一邻接矩阵，表示act.mat


值----------Value----------

A vector of length 2, where the first element is the P value from Random Edge Permutation and the second element is the P value
一个长度为2的向量，其中第一个元素是随机边缘置换和第二个元素的P值P值


作者（S）----------Author(s)----------


Raji Balasubramanian <a href="mailto:rbalasub@hsph.harvard.edu">rbalasub@hsph.harvard.edu</a>



参见----------See Also----------

permEdgesM2M, permNodesM2M, makeClustM
permEdgesM2M，permNodesM2M，makeClustM


举例----------Examples----------


act.mat <- matrix(0,3,3)
act.mat[2,1] <- 1
act.mat[3,1] <- 1
nonact.mat  <- matrix(0,3,3)
nonact.mat[2,1] <- 1
nonact.mat[3,2] <- 1
p.val <- getpvalue(act.mat, nonact.mat, num.iterations = 100)
print(p.val)

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