ComputeNodeParameters(GraphAlignment)
ComputeNodeParameters()所属R语言包:GraphAlignment
Compute node parameters
计算节点参数
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Compute the optimal scoring parameters (node score) for a given alignment.
计算一个给定的对齐的最佳得分参数(节点分)。
用法----------Usage----------
ComputeNodeParameters(dimA, dimB, R, P, lookupNode, clamp=TRUE)
参数----------Arguments----------
参数:dimA
size of network A
网络的大小
参数:dimB
size of network B
网络B的大小
参数:R
node similarity score matrix
节点的相似性得分矩阵
参数:P
permutation vector (see InitialAlignment, AlignNetworks)
置换向量(见InitialAlignment,AlignNetworks)
参数:lookupNode
node bin lookup table (see GetBinNumber)
节点槽查找表(见GetBinNumber)
参数:clamp
clamp values to range when performing bin lookups
钳位值范围时执行的bin查找
Details
详情----------Details----------
This function computes optimal node score parameters for use with ComputeM and AlignNetworks. It takes the size of the networks, a matrix of node similarities R, an initial alignment P, and the lookup table for node binning, lookupNode, as parameters.
此函数计算与使用ComputeM和AlignNetworks的最优节点得分参数。它的网络规模,节点相似矩阵R,初始对准带够,节点分级,lookupNode查找表,作为参数。
值----------Value----------
The return value is list containing the node score vectors s0 and s1.
返回值是列表,其中包含的节点得分向量S0和S1。
作者(S)----------Author(s)----------
Joern P. Meier, Michal Kolar, Ville Mustonen, Michael Laessig, and Johannes Berg
举例----------Examples----------
ex<-GenerateExample(dimA=22, dimB=22, filling=.5, covariance=.6,
symmetric=TRUE, numOrths=10, correlated=seq(1,18))
pinitial<-InitialAlignment(psize=34, r=ex$r, mode="reciprocal")
lookupNode<-c(-.5,.5,1.5)
nodeParams<-ComputeNodeParameters(dimA=22, dimB=22, ex$r,
pinitial, lookupNode)
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注:
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