getgo(goseq)
getgo()所属R语言包：goseq
Fetch GO categories
读取GO类别
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Obtains all gene ontology (GO) categories associated with a set of genes using the relevant organism package.
获取所有的基因本体（GO）的使用有关生物体包的一组基因相关的类别。
用法----------Usage----------
getgo(genes, genome, id,fetch.cats=c("GO:CC","GO:BP","GO:MF"))
参数----------Arguments----------
参数：genes
A vector or list of genes to get the associated GO categories.
基因向量或列表，以获得相关的GO类别。
参数：genome
A string identifying the genome that genes refer to. For a list of supported organisms run supportedGenomes.
字串genes指识别基因组。为支持生物体的列表执行supportedGenomes。
参数：id
A string identifying the gene identifier used by genes. For a list of supported gene IDs run supportedGeneIDs.
字符串确定genes使用基因标识。为支持基因标识的列表执行supportedGeneIDs。
参数：fetch.cats
A vector specifying which categories to fetch the mapping between category names and genes for. See details for vaild options.
指定的类别来获取类别名称和基因之间的映射的一个向量。需持有效选项的细节。
Details
详情----------Details----------
This function attempts to make use of the organism packages (org.<Genome>.<GeneID>.db) to obtain the mapping between gene ID and GO categories. As with getlength it is preferable that the same gene identifier system is used for both summarization and retrieving GO categories.
这个函数试图使生物体包的使用（org. <Genome>。<GeneID> DB），以获得该基因的ID之间的映射和GO类别。与getlength最好是使用相同的基因识别系统总结和检索GO类别。
Valid options for the fetch.cats arguement are any combination of "GO:CC", "GO:BP", "GO:MF" & "KEGG". The three GO terms refer to the Cellular Component, Biological Process and Molecular Function respectively. "KEGG" refers to KEGG pathways.
fetch.catsarguement有效选项的任意组合的“GO：抄送”，“GO：BP”，“好：”中频“及”KEGG“。三GO术语是指以单元成分，生物过程和分子功能。 “KEGG”是指KEGG通路。
Note that getgo is a convenience function, designed to make extracting mappings between GO categories and Gene ID easy. For less common organisms and/or gene ID getgo may fail to return a mapping even when a legitimate mapping exists in the revelant organism package. If getgo fails, you should always try to build the mapping yourself from the organism package (if one exists) before deciding that the information is unavailable. Further information and examples of this can be found in the package Vignette.
注意getgo是一个方便的功能，旨在使之间的GO类别和基因ID容易提取的映射。对于不常见的生物和/或基因IDgetgo可能无法返回一个映射，甚至当一个合法的映射，在存在兴业有机体包。如果getgo失败，你应该总是试图建立映射，从自己的有机体包（如果存在），然后才决定该信息不可用。进一步的信息和这样的例子可以发现包中的小插曲。
值----------Value----------
A list where each entry is named by a gene and contains a vector of all the associated GO categories. This can be used directly with the gene2cat option in goseq.
其中每个条目由一个基因命名和列表包含所有相关的GO类别的向量。这可以用来直接与gene2catgoseq选项。
作者（S）----------Author(s)----------
Matthew D. Young <a href="mailto:myoung@wehi.edu.au">myoung@wehi.edu.au</a>
参见----------See Also----------
supportedGenomes, supportedGeneIDs, goseq
supportedGenomes，supportedGeneIDs，goseq
举例----------Examples----------
genes <- c("ENSG00000124208", "ENSG00000182463", "ENSG00000124201", "ENSG00000124205", "ENSG00000124207")
getgo(genes,'hg19','ensGene')
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发表于 2012-2-25 20:53:09
