R语言 goProfiles包 conversionFunctions()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

conversionFunctions(goProfiles)
conversionFunctions()所属R语言包：goProfiles

                                        Functions to transformconvert objects between different types
                                         不同类型的功能transformconvert对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions transform data from one classtype into another, or pack simple processes such as compute the profiles needed for one annotations package.
这些功能转换数据从一个的ClassType到另一个，或包装简单的过程，如计算一个注解包所需的配置文件。


用法----------Usage----------


as.GOTerms.frame(myGOTermsList, na.rm=TRUE)
as.GOTerms.list(genelist, probeType, orgPackage=NULL, anotPkg=NULL, onto="any", na.rm=TRUE)
BioCpack2EntrezIDS(anotPkg, na.rm=TRUE)
BioCpack2Profiles(anotPkg, orgPackage, level=2, na.rm=TRUE, expanded=FALSE)
BioCprobes2Entrez(probeslist , anotPkg, na.rm=TRUE)
GOTermsFrame2GOTermsList(myGOTermsFrame, evid=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：myGOTermsList
GOTermsList object to transform
GOTermsList对象转换


参数：myGOTermsFrame
GOTermsFrame object to transform
GOTermsFrame对象转换


参数：genelist
List of genes (Entrez Ids) to transform
名单（Entrez的IDS）的基因改造


参数：evid
Type of evidence supporting the selected GO Terms
支持选定的GO术语的证据类型


参数：na.rm
Flag indicating if those ids returning NA must be removed from the output
指示标志，必须从输出中删除，如果这些ID回覆NA


参数：probeType
Type of probes to transform into Entrez Ids
探针类型转换成Entrez的IDS


参数：probeslist
List of probes to transform into Entrez Ids
转化为Entrez的IDS探针名单


参数：orgPackage
Name of the organism ('org.Xx.eg.db') annotation package
生物体名称（“org.Xx.eg.db）注释包


参数：anotPkg
Name of the chip annotation package
该芯片的注解包的名称


参数：level
GO level at which the profile is built
开始配置文件是建立在哪一级


参数：onto
ontology
本体


参数：expanded
Flag to decide if an expanded profile has to be computed  
标志，以决定是否扩大个人资料计算


Details

详情----------Details----------

Not yet available
尚未公布


值----------Value----------

Every function returns a transformed object or a list of computed profiles
每一个函数返回一个对象转化或计算剖面列表


作者（S）----------Author(s)----------


Alex Sanchez



举例----------Examples----------


data(CD4Ids)
myGOTermsList <- GOTermsList(CD4LLids[1:5], orgPkg="org.Hs.eg.db")
myGOTermsFrame<- as.GOTerms.frame(myGOTermsList, na.rm=TRUE)
GOTermsFrame2GOTermsList(myGOTermsFrame, evid=FALSE)

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