showSigNodes(GOFunction)
showSigNodes()所属R语言包：GOFunction
Drawing the GO DAG structure of statistically significant terms
统计学意义上绘制好DAG的结构
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
According to the GO DAG structure created by the "createGODAG" function, this function draws the corresponding plot.
根据GO的DAG结构创建“createGODAG”功能，此功能绘制相应的图。
参数----------Arguments----------
参数：DAG
DAG is a object of 'graphNEL' class which contains the GO DAG structure of statistically significant GO terms.
DAG是graphNEL类，它包含统计学意义的GO术语的GO DAG结构的对象。
参数：sigTerm
sigTerm is the GO terms found by enrichmentFunction function.
sigTerm enrichmentFunction功能发现的GO术语。
参数：sigTerm_Local
sigTerm_Local is the remained statistically signifcant terms after treating local redundancy.
sigTerm_Local是维持治疗后，本地冗余统计显着性条款。
参数：sigTerm_Global
sigTerm_Glocal is the remained statistically signifcant terms after treating global redundancy.
sigTerm_Glocal是维持治疗后，全球冗余统计显着性条款。
参数：dagTermInfo
dagTermInfo is the information of all related GO terms in GO DAG.
dagTermInfo是好DAG的所有相关的GO术语的信息。
参数：bmpSize
bmpSize is the width and height of the plot of GO DAG for all statistically significant terms. GO-function set the default width and height of the plot as 2000 pixels in order to clearly show the GO DAG structure. If the GO DAG is very complexity, the user should increase bmpSize. Note: If there is an error at the step of "bmp(filename, width = 2000, ..." when running GO-function, the user should decrease bmpSize.
bmpSize是所有统计学意义上的宽度和高度好DAG的图。 GO-功能设置为2000像素的默认宽度和高度的图，以清楚地表明，GO的DAG结构。如果GO DAG是非常复杂，用户应增加bmpSize。注：如果有一个错误的一步“BMP（文件名，宽度= 2000，...”GO功能运行时，用户应减少bmpSize。
参数：filename
filename is the name of the files saving the table and the GO DAG of all statistically significant terms.
filename文件保存表和所有统计学意义上的好DAG的名称。
值----------Value----------
This function saves the structure of GO DAG for all statistic significant terms into a plot (e.g. "sigTerm.bmp") in the current working folder. In this plot, "circle" represents terms removed after local redundancy treatment, "box" represents terms removed after treating global redundancy and "rectangle" represents the remained terms with evidence that their significance should not be simply due to the overlapping genes. The dfferent color shades represent the adjusted p values of the terms.
此功能保存好DAG的所有重要条款积成在当前的工作文件夹（如“sigTerm.bmp”）的统计结构。在此图中，“圆”代表本地冗余处理后删除的条款，“盒子”代表代表证据仍然条款，其意义不应该只是由于重叠基因治疗后，全球的冗余和“矩形”删除条款。 dfferent的颜色深浅代表的条款调整后的P值。
作者（S）----------Author(s)----------
Jing Wang
参见----------See Also----------
GOFunction enrichmentFunction localRedundancy globalRedundancy createGODAG
GOFunctionenrichmentFunctionlocalRedundancyglobalRedundancycreateGODAG
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 20:47:31
