localRedundancy(GOFunction)
localRedundancy()所属R语言包：GOFunction
Treating for local redundancy between GO terms with ancient-offspring relationship
本地冗余的治疗与古后代关系的GO术语之间
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function uses some explicit rules to treat local redundancy (see details).
这个函数使用了一些明确的规则来对待本地冗余（见详情）。
参数----------Arguments----------
参数：sigTerm
sigTerm is the statistically significant terms found by the enrichmentFunction function.
sigTerm发现统计学意义由enrichmentFunction功能的条款。
参数：generalAnn
generalAnn is the mapping between gene and GO terms.
generalAnn是基因和GO术语之间的映射。
参数：sigTermRelation
sigTermRelation is the GO DAG relationship between the statistically significant terms.
sigTermRelation是GO的DAG统计学意义之间的关系。
参数：annRef
annRef is the annotated reference genes and their annotated terms.
annRef注释参考基因及其注释的条款。
参数：annInterest
annInterest is the annotated interesting genes and their annotated terms.
annInterest注明有趣的基因，并注明条款。
参数：ppth
ppth is the significant level to test whether the remaining genes of the ancestor term are enriched with interesting genes after removing the genes in its significant offspring terms. The default is 0.05.
ppth是显着的水平，以测试是否丰富有趣的基因取出后在其显着的后代条款基因的祖先术语的其余基因。默认是0.05。
参数：pcth
pcth is the significant level to test whether the frequency of interesting genes in the offspring terms are significantly different from that in the ancestor term. The default is 0.05.
pcth是显着的水平，以测试是否有趣的基因在后代条款的频率有显着不同的祖先术语的。默认是0.05。
Details
详情----------Details----------
This function uses three principles to treat local redundancy between GO terms with ancient-offspring relationship: 1. if the frequency of interesting genes in the remaining genes of the ancestor term is not significantly higher than the random background, and at the same time, it is lower than the frequency of its significant offspring terms, GO-function only remains the offspring terms; Otherwise, GO-function remains ancient term. In this situation, 2. if the offspring terms are no different with the ancient term, GO-function only remains the ancestor term; otherwise, 3. GO-function remains both ancient term and its offspring terms.
此功能使用三个原则来对待古后代关系的GO术语之间的本地冗余：1。有趣的祖先术语的其余基因的基因频率没有显着高于随机的背景，并在同一时间，它是低于其显着的后代条款的频率，GO功能，只保留的后代条款;否则，GO功能仍然是古老的用语。在这种情况下，2。后代的条件是，如果没有与古代术语的不同，GO功能仍然是祖先术语，否则，3。 GO功能仍然是古老的术语和它的后代。
值----------Value----------
The function returns a set of remained terms without local redundancy.
该函数返回没有本地的冗余仍然条款。
作者（S）----------Author(s)----------
Jing Wang
参见----------See Also----------
GOFunction enrichmentFunction
GOFunctionenrichmentFunction
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注：
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发表于 2012-2-25 20:47:15
