R语言 globaltest包 sampling()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sampling(globaltest)
sampling()所属R语言包：globaltest

                                        Sampling random 'pathways' for the Global Test
                                         采样随机的全球测试“通路”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

(DEPRECATED: please use use comparative instead). For every pathway in a result of globaltest, calculates how many randomly drawn groups of genes of the same size have a
（不推荐使用：请使用comparative代替）。对于每在globaltest结果的途径，计算多少随机抽取的大小相同的基因组有


用法----------Usage----------


sampling(gt, geneset, ndraws = 10^3)



参数----------Arguments----------

参数：gt
The output of a call to globaltest.
输出调用globaltest的。


参数：geneset
The name or number of the geneset(s) to be used (only necessary if multiple genesets were tested).
（S）的名称或数量的geneset要使用（只有必要的，如果多个genesets被测试）。


参数：ndraws
The number of random pathways to be used.  </table>
要使用的随机途径。 </ TABLE>


Details

详情----------Details----------

For every pathway in gt[geneset], a number ndraws random 'pathways' is selected by randomly sampling sets of genes of the same size as the tested pathway. A 'comparative p-value' is calculated by counting what proportion of the random pathways has a larger standardized test statistic
对于每一个在通路gt[geneset]数字ndraws随机的途径是通过随机抽样作为行之有效的途径同样大小的基因组选择。一个“比较p值计算通过什么的随机途径比例有一个较大的标准化检验统计计数


值----------Value----------

An object of class
一个类的对象


注意----------Note----------

sampling has been deprecated. Please use comparative instead.
sampling已被弃用。请使用comparative代替。

The function sampling cannot be applied to a gt.result object resulting from a call to
功能samplinggt.result从调用对象不能适用于


作者（S）----------Author(s)----------


Jelle Goeman: <a href="mailto:j.j.goeman@lumc.nl">j.j.goeman@lumc.nl</a>; Jan Oosting



参考文献----------References----------

Anninga, Hans C. van Houwelingen (2005) Testing association of a pathway with survival. Bioinformatics 21, 1950-1957. See also the vignette

参见----------See Also----------

globaltest, permutations,
globaltest，permutations


举例----------Examples----------


   
    # Breast cancer data (ExpressionSet) from the Netherlands Cancer[从荷兰癌症乳腺癌数据（ExpressionSet）]
    # Institute with annotation:[研究所与注释：]
    data(vandeVijver)
    data(annotation.vandeVijver)

    gt <- globaltest(vandeVijver, "StGallen", annotation.vandeVijver)

    sampling(gt, ndraws=100)

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