R语言 globaltest包 permutations()函数中文帮助文档(中英文对照)

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permutations(globaltest)
permutations()所属R语言包：globaltest

                                        Permutations version of the Global Test (Deprecated)
                                         排列的全球测试版本（已过时）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Produces permutations of the globaltest test
排列产生的globaltest测试


用法----------Usage----------


permutations(gt, geneset, nperm = 10^4)



参数----------Arguments----------

参数：gt
The output of a call to globaltest.
输出调用globaltest的。


参数：geneset
The name or number of the geneset(s) to be used (only necessary if multiple genesets were tested).
（S）的名称或数量的geneset要使用（只有必要的，如果多个genesets被测试）。


参数：nperm
The number of permutations to be used.  </table>
要使用的排列数。 </ TABLE>


Details

详情----------Details----------

A permutation p-value is calculated by comparing the value of the test statistic using permutations of the clinical outcome to the value of the test statistic for the true clinical outcome. If the number of possible permutations is smaller than the value of nperm, all possible permutations are used, otherwise nperm random permutations. The permuted test statistics are
通过对比测试使用的临床结果的排列真正的临床疗效试验统计值统计值置换p值计算。如果可能的排列数是比nperm的值小，使用所有可能的排列，否则nperm随机排列。置换的测试统计


值----------Value----------

An object of class
一个类的对象


注意----------Note----------

permutations has been deprecated: please use use gt instead.
permutations已过时：请使用gt代替。

Permutations does not work if the adjusted version of
排列并不起作用，如果调整后的版本


作者（S）----------Author(s)----------


Jelle Goeman: <a href="mailto:j.j.goeman@lumc.nl">j.j.goeman@lumc.nl</a>; Jan Oosting



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

globaltest, sampleplot,
globaltest，sampleplot


举例----------Examples----------


   
    # Breast cancer data (ExpressionSet) from the Netherlands Cancer[从荷兰癌症乳腺癌数据（ExpressionSet）]
    # Institute with annotation:[研究所与注释：]
    data(vandeVijver)
    data(annotation.vandeVijver)
    aPathway <- annotation.vandeVijver[1]

    gt <- globaltest(vandeVijver, "StGallen", aPathway)
    perm.gt <- permutations(gt)

    if (interactive()) {
      hist(perm.gt)
    }

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。