geneplot(globaltest)
geneplot()所属R语言包：globaltest
Gene Plot for Global Test (Deprecated)
全球测试（已过时）的基因图解
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Produces a plot to show the influence of individual
产生一个图，展现个人的影响
用法----------Usage----------
参数----------Arguments----------
参数：gt
The output of a call to globaltest.
输出调用globaltest的。
参数：geneset
The name or number of the geneset to be plotted (only necessary if multiple genesets were tested).
名称或geneset的数量要绘制（只有必要的，如果多个genesets被测试）。
参数：genesubset
A vector of names or numbers of genes to be plotted (default: plot all genes)
名称或数字基因向量被绘制（默认是：绘制所有的基因）
参数：scale
Logical: should the bars be scaled to unit standard deviation?
逻辑：条形缩放单位标准差？
参数：drawlabels
Logical value to control drawing of gene ids (rownames) on the x-axis of the plot.
逻辑值来控制基因IDS（rownames）的图x轴的图纸。
参数：labelsize
Relative size of the labels on the x-axis. If it is NULL , the current value for par("cex.axis") is used
x轴标签的相对大小。如果是NULL，par("cex.axis")的电流值使用
参数：plot
If FALSE: does not plot, but only returns a gt.barplot object.
如果FALSE：没有图，但只返回一个gt.barplot对象。
参数：addlegend
If FALSE: does not add a legend to the plot or to the gt.barplot object.
如果FALSE：不添加一个传奇的图或gt.barplot对象。
参数：...
Any extra arguments will be forwarded to the plotting function. </table>
任何额外的参数将被转发到绘图功能。 </ TABLE>
Details
详情----------Details----------
The geneplot shows a bar an a reference line for each gene. The bar shows the influence of each gene on the test result: the test statistic Q is the average of the bars of the genes. The reference line shows the expected influence if the gene was not associated with the outcome. The marks on the bars show the standard deviation of the bar under the null hypothesis. The color of the bar indicates positive or negative correlation of the gene with the clinical outcome, to distinguish between up and downregulation.
geneplot显示条形为每一个基因的参考线。栏显示每个基因测试结果的影响：检验统计量Q是平均基因条形。参考线显示了预期的影响，如果基因不相关的结果。条形的标志，表明零假设下的条形的标准偏差。条形的颜色与临床结果表明正或负相关的基因，以区分和下调。
The bottom margin is adjusted to allow enough space for the longest
最长的底部边缘进行调整，以允许足够的空间
值----------Value----------
An object of type gt.barplot.
一个对象的类型gt.barplot。
注意----------Note----------
geneplot has been deprecated. Please use covariates instead.
geneplot已被弃用。请使用covariates代替。
作者（S）----------Author(s)----------
Jelle Goeman: <a href="mailto:j.j.goeman@lumc.nl">j.j.goeman@lumc.nl</a>; Jan Oosting
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
globaltest, sampleplot.
globaltest，sampleplot。
举例----------Examples----------
# Breast cancer data (ExpressionSet) from the Netherlands Cancer[从荷兰癌症乳腺癌数据（ExpressionSet）]
# Institute with annotation:[研究所与注释：]
data(vandeVijver)
data(annotation.vandeVijver)
gt <- globaltest(vandeVijver, "StGallen", annotation.vandeVijver)
if (interactive()){
geneplot(gt["cell cycle checkpoint"])
}
gp <- geneplot(gt["cell cycle checkpoint"], plot = FALSE)
if (interactive()){
plot(sort(gp))
}
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发表于 2012-2-25 20:42:54
