R语言 GlobalAncova包 Plot.all()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

Plot.all(GlobalAncova)
Plot.all()所属R语言包：GlobalAncova

                                        Combined visualization of sequential decomposition and influence of single genes on the GlobalAncova statistic
                                         顺序分解和单个基因的影响，对GlobalAncova统计相结合的可视化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot that combines Plot.genes and Plot.sequential into one graphic.
图，结合Plot.genes和Plot.sequential成一个图形。


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：xx
Matrix of gene expression data, where columns correspond to samples and rows to genes. The data should be properly normalized beforehand (and log- or otherwise transformed). Missing values are not allowed. Gene and sample names can be included as the row and column names of xx.
基因表达数据矩阵，列对应的基因样本和行。数据应妥善事先标准化（log或以其他方式转化）。遗漏值是不允许的。基因和样本的名称，可以包含作为xx行和列的名称。


参数：formula
Model formula for the linear model.
线性模型的模型公式。


参数：model.dat
Data frame that contains all the variable information for each sample.
数据框包含每个样品的所有变量的信息。


参数：test.genes
Vector of gene names or gene indices specifying a gene set.
向量的基因名称或指定一个基因组的基因指标。


参数：name.geneset
Name of the plotted geneset.
名称绘制geneset。


注意----------Note----------

This work was supported by the NGFN project 01 GR 0459, BMBF, Germany.
这项工作是NGFN项目01的GR 0459，BMBF的，德国的支持。


作者（S）----------Author(s)----------


Ramona Scheufele <a href="mailto:ramona.scheufele@charite.de">ramona.scheufele@charite.de</a> <br>
Reinhard Meister <a href="mailto:meister@tfh-berlin.de">meister@tfh-berlin.de</a><br>
Manuela Hummel <a href="mailto:hummel@ibe.med.uni-muenchen.de">hummel@ibe.med.uni-muenchen.de</a> <br>
Urlich Mansmann <a href="mailto:mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de">mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de</a>



参见----------See Also----------

Plot.genes, Plot.sequential, GlobalAncova.decomp, GlobalAncova
Plot.genes，Plot.sequential，GlobalAncova.decomp，GlobalAncova


举例----------Examples----------


data(vantVeer)
data(phenodata)
data(pathways)

Plot.all(vantVeer, formula = ~ ERstatus + metastases + grade, model.dat = phenodata, test.genes = pathways[[3]], name.geneset = "cell cycle pathway")

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