R语言 GlobalAncova包 pair.compare()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pair.compare(GlobalAncova)
pair.compare()所属R语言包：GlobalAncova

                                        Pairwise comparisons of factor levels within GlobalAncova
                                         内GlobalAncova因子水平的成对比较

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Pairwise comparisons of gene expression in different levels of a factor by GlobalAncova tests. The method uses the reduction in residual sum of squares obtained when two respective factor levels are set to the same level. Holm-adjusted permutation-based p-values are given.
成对比较基因表达GlobalAncova测试不同层次的一个因素。该方法使用两个各自的因子水平设置为相同的水平时获得的平方剩余的总和减少。霍尔姆调整置换的p值。


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：xx
Matrix of gene expression data, where columns correspond to samples and rows to genes. The data should be properly normalized beforehand (and log- or otherwise transformed). Missing values are not allowed. Gene and sample names can be included as the row and column names of xx.
基因表达数据矩阵，列对应的基因样本和行。数据应妥善事先标准化（log或以其他方式转化）。遗漏值是不允许的。基因和样本的名称，可以包含作为xx行和列的名称。


参数：formula
Model formula for the linear model.
线性模型的模型公式。


参数：group
Factor for which pairwise comparisons shall be calculated.
因素成对比较应计算。


参数：model.dat
Data frame that contains all the variable information for each sample.
数据框包含每个样品的所有变量的信息。


参数：test.genes
Vector of gene names or a list where each element is a vector of gene names.
向量的基因名称或一个列表，其中每个元素都是一个向量基因名称。


参数：perm
Number of permutations to be used for the permutation approach. The default is 10,000.
数将用于置换的方式排列。默认值是10,000。


值----------Value----------

An ANOVA table, or list of ANOVA tables for each gene set, for the pairwise comparisons.
ANOVA表，或列表中每个基因组的ANOVA表，成对比较。


注意----------Note----------

This work was supported by the NGFN project 01 GR 0459, BMBF, Germany.
这项工作是NGFN项目01的GR 0459，BMBF的，德国的支持。


作者（S）----------Author(s)----------


Ramona Scheufele <a href="mailto:ramona.scheufele@charite.de">ramona.scheufele@charite.de</a> <br>
Reinhard Meister <a href="mailto:meister@tfh-berlin.de">meister@tfh-berlin.de</a><br>
Manuela Hummel <a href="mailto:hummel@ibe.med.uni-muenchen.de">hummel@ibe.med.uni-muenchen.de</a> <br>
Urlich Mansmann <a href="mailto:mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de">mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de</a>



参见----------See Also----------

GlobalAncova, GlobalAncova.decomp
GlobalAncova，GlobalAncova.decomp


举例----------Examples----------


data(vantVeer)
data(phenodata)
data(pathways)

pair.compare(xx = vantVeer, formula = ~ grade, group = "grade", model.dat = phenodata, test.genes = pathways[1:3], perm = 100)

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