medianByPosition(girafe)
medianByPosition()所属R语言包：girafe
Compute median quality for each nucleotide position
计算每个核苷酸位置的平均质量
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function computes the median quality for each position in a read over all reads in a ShortReadQ object.
此函数计算中位数的质量，为每个在读的所有读取在ShortReadQ对象的位置。
用法----------Usage----------
medianByPosition(x, method = "Sanger", batchSize = 100000L)
参数----------Arguments----------
参数：x
object of class ShortReadQ, such as the result of function readFastq
对象的类ShortReadQ功能readFastq结果，如
参数：method
string; passed on to function intPhred
字符串;通过对函数intPhred
参数：batchSize
number of rows to process in each iteration; directly influences RAM usage of this function
在每次迭代处理的行数;直接影响内存使用此功能
Details
详情----------Details----------
The quality values are computed for each batch of reads and stored as numeric Rle objects for each postion. In each iteration, the Rle object of the current batch is merged with the previous one in order to keep the RAM usage low.
每批读取的质量值计算和存储数字Rle现在的位置是每个对象。在每次迭代中，Rle当前批次的对象是与前一个合并，以保持低RAM使用。
值----------Value----------
A numeric vector of the median values per nucleotide position in the reads. The length of this vector corresponds to the length of the longest read in the data.
每个核苷酸的位置在读的中值的一个数字向量。这个向量的长度相当于最长的读取数据的长度。
作者（S）----------Author(s)----------
Joern Toedling
参见----------See Also----------
intPhred
intPhred
举例----------Examples----------
exDir <- system.file("extdata", package="girafe")
ra <- readFastq(dirPath=exDir, pattern=
"aravinSRNA_23_plus_adapter_excerpt.fastq")
medianByPosition(ra, batchSize=200)
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 19:52:30
