R语言 GGtools包 vcf2sm()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

vcf2sm(GGtools)
vcf2sm()所属R语言包：GGtools

                                         generate a SnpMatrix instance on the basis of a VCF (4.0) file
                                         一个VCF的文件（4.0）的基础上产生的SnpMatrix实例

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

generate a SnpMatrix instance on the basis of a VCF (4.0) file. NOTE: the tabix utility must be installed and be invocable via system().
一个VCF的文件（4.0）的基础上产生的SnpMatrix实例。注：必须安装和TABIX效用是通过system（）援引危急。


用法----------Usage----------


vcf2sm(tbxfi, ..., gr, nmetacol)



参数----------Arguments----------

参数：tbxfi
instance of TabixFile-class
实例TabixFile-class


参数：...
not used
不使用


参数：gr
instance of GRanges-class
实例GRanges-class


参数：nmetacol
numeric: tells number of columns used in each record as locus-level metadata  
数字：告诉每个记录作为所在地级元数据的列数


Details

详情----------Details----------

This function is relevant only for diallelic SNP.  If any base call is denoted ".", the associated genotype is set to missing (raw 0), even if the nonmissing call is ALT, implying at least one ALT.  
此功能只为diallelic的SNP有关。如果任何基本通话记。，设置相关的基因型丢失（原），非缺失呼叫，即使是Alt，这意味着至少有一个ALT键。


值----------Value----------

an instance of SnpMatrix-class
一个SnpMatrix-class的实例


作者（S）----------Author(s)----------



VJ Carey <stvjc@channing.harvard.edu>




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


# SRC: ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/pilot_data/release/2010_07/exon/CEU.exon.2010_03.genotypes.vcf.gz[型钢：]
vref = system.file("vcf/CEU.exon.2010_09.genotypes.vcf.gz", package="GGtools")
gg = GRanges(seqnames="1", IRanges(10e6,20e6))
vcf2sm(Rsamtools::TabixFile(vref), gr=gg, nmetacol=9L)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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