R语言 GGtools包 sm2ped()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

sm2ped(GGtools)
sm2ped()所属R语言包：GGtools

                                         create a data.frame representing a PED file (MACH) from a SnpMatrix instance
                                         创建一个数据框代表从SnpMatrix实例1 PED的文件（马赫）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

create a data.frame representing a PED file (MACH) from a SnpMatrix instance
创建一个数据框代表从SnpMatrix实例1 PED的文件（马赫）


用法----------Usage----------


sm2ped(sm, snpsupp, missing.code = "N", family, person, father, mother, sex)



参数----------Arguments----------

参数：sm
SnpMatrix-class instance  
SnpMatrix-class实例


参数：snpsupp
data frame of 'supporting' metadata as returned by read.HapMap.data  
read.HapMap.data返回支持元数据的数据框


参数：missing.code
token to use for missing genotype  
令牌使用缺少的基因型


参数：family
vector of family identifiers as used in PED files for MACH  
家庭标识符作为向量使用PED的文件马赫数


参数：person
vector of person identifiers  
向量的人标识符


参数：father
each element of this vector specifies the father of the person identified on the same line of the file  
此向量中的每个元素指定文件的同一行上确定的人的父亲


参数：mother
as for father  
father


参数：sex
1 for male, 2 for female  
1为男，女2


Details

详情----------Details----------

basic purpose is to convert SnpMatrix instances to PED to allow genotype imputation
基本目的是转换SnpMatrix实例PED认证，以允许基因型归集


值----------Value----------

a data.frame instance
数据框实例


举例----------Examples----------


if (.Platform$OS.type == "unix") { # can't get pathname in windows?[不能在Windows的路径？]
library(snpStats)
sm = chopsticks::read.HapMap.data(paste("file://",
system.file("hapmap/smallc20CEU.txt.gz", package="GGtools"), sep=""))
supp = sm[[2]]
smat = sm[[1]]
reldata = read.table(system.file("hapmap/relationships_w_pops_051208.txt",
  package="GGtools"), header=TRUE)
rownames(reldata) = as.character(reldata[,2])
hids = rownames(smat)
hrel = reldata[hids,]
hrel[1:5,]
args(sm2ped)
ac = as.character
ss = sm2ped(smat, supp, fam=ac(hrel[,1]), person=ac(hrel[,2]), father=ac(hrel[,3]),
mother=ac(hrel[,4]), sex=hrel[,5])
ss[1:5,1:8]
}

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