R语言 GGtools包 pcChooser()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

pcChooser(GGtools)
pcChooser()所属R语言包：GGtools

                                         utility to assist in choosing number of PCs to remove owing to expression heterogeneity
                                         实用程序来协助在选择个人电脑的数量，消除由于表达的异质性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

utility to assist in choosing number of PCs to remove owing to expression heterogeneity – only cis testing as of jan 2011
在选择个人电脑的数量，以消除由于表达的异质性 -  2011年1月，仅顺测试实用工具，以协助


用法----------Usage----------


pcChooser(sms, cand = c(1, 10, 15, 20, 25, 30, 40), fmla, radius = c(1e+05), chr = "20", smlc = "20", geneApply = lapply, pvals = c(1e-06, 1e-07, 1e-08, 1e-09), ncore=NULL,
ffind=1, ...)



参数----------Arguments----------

参数：sms
instance of smlSet-class  
实例smlSet-class


参数：cand
number of PCs to be excluded in successive runs  
被排除在连续运行的电脑数量


参数：fmla
formula to be used by cisProxScores  
公式cisProxScores


参数：radius
number of basepairs up and downstream from gene boundaries to be checked for eQTL  
从基因边界和下游的碱基对数目要检查eQTL


参数：chr
chromosome for current run, for use in space selection for GRanges-associated SNP addressing  
当前运行的染色体，农庄相关的SNP的使用空间选择解决


参数：smlc
name of chromosome in names(smList(sms)) for this run   
染色体的名称names(smList(sms))运行


参数：geneApply
iterator to be used for genes  
迭代的基因


参数：pvals
upper bounds on p-values to declare eQTL present  
P-值上限申报eQTL目前，


参数：ncore
if set to numeric value, options(cores=ncore) will  be executed by this function, useful if geneApply=mclapply
如果设置数值选项（岩心= ncore）将被执行此功能，有用的，如果geneApply = mclapply


参数：ffind
chrom selector passed to cisProxScores, typically default is appropriate choice
铬选择传递到cisProxScores的，通常默认是合适的选择


参数：...
passed to cisProxScores  
传递cisProxScores的


Details

详情----------Details----------

The idea is that we want to maximize the number of eQTL declared, and that there will be diminishing returns as the number of PCs included grows.
我们的想法是，我们要最大限度地eQTL宣布，将有包括增长的个人电脑数量减少的回报。


值----------Value----------

matrix with columns corresponding to cands and  rows corresponding to pvals – the row names are the chi-squared threshold values for snp.rhs.tests results     
相应的cands和相应的行与列矩阵pvals - 行名称是snp.rhs.tests结果卡方阈值


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
if (!exists("hmceuB36.2021")) hmceuB36.2021 <- getSS("GGtools", c("20", "21"))
library(illuminaHumanv1.db)
g20 = get("20", revmap(illuminaHumanv1CHR))
g20 = intersect(g20, featureNames(hmceuB36.2021))[1:40]
pcChooser( hmceuB36.2021[probeId(g20),], cand=c(7,9,11), fmla=~male,
  radius=1e6, chr="20", smlc="20", geneApply=lapply, pvals=10^(-c(3:5)))

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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