R语言 genoset包 genoset-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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genoset-methods(genoset)
genoset-methods()所属R语言包：genoset

                                        Get space factor for GenoSet...
                                         为GenoSet获取空间因素...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Get space factor for GenoSet
空间GenoSet因素


用法----------Usage----------


x[i, j, k, ..., drop=FALSE]
## S4 method for signature 'GenoSet,character,ANY'
x[i, j, ..., drop=FALSE]
## S4 method for signature 'GenoSet,RangedData,ANY'
x[i, j, ..., drop=FALSE]
## S4 method for signature 'GenoSet,RangesList,ANY'
x[i, j, ..., drop=FALSE]
## S4 method for signature 'RangedData,numeric,BSgenome'
loadGC(object, expand=1e+06, bsgenome)
## S4 method for signature 'GenoSet,numeric,BSgenome'
loadGC(object, expand=1e+06, bsgenome)



参数----------Arguments----------

参数：x
GenoSet
GenoSet


参数：i
character, RangedData, RangesList, logical, integer
RangedData，RangesList，性格，逻辑，整数


参数：j
character, RangedData, RangesList, logical, integer
RangedData，RangesList，性格，逻辑，整数


参数：k
chracter or integer
两性间的或整数


参数：drop
logical drop levels of space factor?
空间因素的逻辑下降水平？


参数：...
additional subsetting args
额外的子集ARGS


参数：object
A GenoSet object or derivative
一个GenoSet对象或衍生


参数：expand
numeric, expand each feature location by this many bases on each side
数字由每侧许多碱基，扩大各个功能的位置


参数：bsgenome,
sequence db object from BSgenome (e.g. Hsapiens)
序列db对象从BSgenome（例如Hsapiens）


Details

详情----------Details----------

space,-method: locData slot holds a RangedData, which keeps the chromsome of each feature in a factor names 'space'.
space,-method：locData插槽持有RangedData的，这使每个功能的染色体中的一个因素名称空间“。

start,-method: locData slot holds a RangedData.
start,-method：locData插槽持有RangedData。

end,-method: locData slot holds a RangedData.
end,-method：locData插槽持有RangedData。

names,-method: Get chromosome names, which are the names of the locData slot.
names,-method：染色体的名字，这是的locData插槽的名称。

ranges,-method: Get ranges from locData slot
ranges,-method：获得从locData插槽范围

elementLengths,-method: Get elementLengths from locData slot
elementLengths,-method：获得从locData插槽elementLengths

loadGC-methods: Local GC content  can be used to remove GC artifacts from copynumber data see Diskin, 2008). GC may be truncated to remove positions without GC information.  GC data are accessible with locData(). Uses a cool BSgenome trick from Michael Lawrence. This takes 5.6 hours for 2Mb windows on 2.5M probes, so look for some custom C in future releases.
loadGC-methods：局部GC含量可用于去除气相色谱文物copynumber数据见迪斯，2008）。 GC可能会被截断，没有GC信息删除的位置。 GC数据访问与locData（）。从迈克尔·劳伦斯使用酷BSgenome招。这需要5.6小时2.5M探针2MB窗口，所以在将来的版本中的一些自定义的C。


值----------Value----------

space,-method: factor
space,-method：因素

start,-method: integer
start,-method：整数

end,-method: integer
end,-method：整数

names,-method: character
names,-method：字符

ranges,-method: character
ranges,-method：字符

elementLengths,-method: character
elementLengths,-method：字符

loadGC-methods: An updated object, with GC percentage information added to the locData slot.
loadGC-methods：一个更新的对象，GC百分比信息，补充的locData插槽。


作者（S）----------Author(s)----------


Peter M. Haverty



举例----------Examples----------


space(genoset.ds)
start(genoset.ds)
end(genoset.ds)
names(genoset.ds)
ranges(genoset.ds) # Returns a RangesList[返回1 RangesList。]
elementLengths(genoset.ds) # Returns the number of probes per chromosomedata(genoset)[返回每chromosomedata探针（genoset）]
genoset.ds[1:5,2:3]  # first five probes and samples 2 and 3[第一个五年探针和样品2和3]
genoset.ds[ , "K"]  # Sample called K[样品称为K]
rd = RangedData(ranges=IRanges(start=seq(from=15e6,by=1e6,length=7),width=1),names=letters[8:14],space=rep("chr17",7))

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