genoset-class(genoset)
genoset-class()所属R语言包：genoset
GenoSet class
GenoSet类
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The genoset package offers an extension of the BioConductor eSet object for genome arrays. The package offers three classes. The first class is the GenoSet class which can hold an arbitrary number of equal-sized matrices in its assayData slot. The principal addition of the GenoSet class is a locData slot that holds a RangedData object from the IRanges package. The locData slot allows for quick subsetting by genome position.
genoset包提供BioConductor ESET对象的基因组阵列的扩展。该软件包提供了三个类。第一类是GenoSet类在其assayData插槽，可容纳的大小相等的矩阵任意数量。主要的GenoSet类除了是一个locData插槽，拥有从IRanges包RangedData对象。 locData插槽允许快速子集基因组的位置。
Two classes extend GenoSet: CNSet and BAFSet. CNSet is the basic copy number object. It keeps its data in the cn slot, similar to the exprs slot of the ExpressionSet. BAFSet is intended to store LRR or Log-R Ratio and BAF or B-Allele Frequency data for SNP arrays. LRR and BAF come from the terms coined by Illumina. LRR is copynumber data processed on a per-snp basis to remove some variability using the expected log-ratio of normal samples with the same genotype. BAF represents the fraction of signal coming from the “B” allele, relative to the “A” allele, where A and B are arbitrarily assigned. BAF has the expected value of 0 or 1 for HOM alleles and 0.5 for HET alelles. Deviation from these expected values can be interpreted as Allelic Imbalance, which is a sign of gain, loss, or copy-neutral LOH.
两班扩展GenoSet：CNSet和BAFSet的。 CNSet是基本的拷贝数对象。它保持它的数据cn插槽，类似的exprsExpressionSet的插槽。 BAFSet旨在存储LRR或Log-R比率和BAF或B等位基因频率的SNP阵列数据。 LRR和BAF来自Illumina公司创造了条件。 LRR类是copynumber数据处理每一个SNP的基础上，以消除一些使用具有相同基因型的正常样本数比预期的变异。曝气生物滤池代表了未来的“B”等位基因，相对的“A”等位基因，其中A和B是任意指定的信号分数。曝气生物滤池有磡等位基因和0.5海特alelles的预期值0或1。从这些预期值的偏差，可以解释为等位基因失衡，这是一个标志的收益，亏损，或复制中立蕙。
插槽----------Slots----------
locData: (RangedData) Contains a RangedData that holds probe locations
locData（RangedData）包含RangedData，持有探针位置
延伸----------Extends----------
eSet
eSet
作者（S）----------Author(s)----------
Peter M. Haverty
参见----------See Also----------
bafset-class, cnset-class
bafset级，cnset级
举例----------Examples----------
## Creating a GenoSet[＃创建1 GenoSet]
test.sample.names = LETTERS[11:13]
probe.names = letters[1:10]
gs = GenoSet(
locData=RangedData(ranges=IRanges(start=1:10,width=1,names=probe.names),space=c(rep("chr1",4),rep("chr3",2),rep("chrX",4)),universe="hg18"),
cn=matrix(31:60,nrow=10,ncol=3,dimnames=list(probe.names,test.sample.names)),
pData=data.frame(matrix(LETTERS[1:15],nrow=3,ncol=5,dimnames=list(test.sample.names,letters[1:5]))),
annotation="SNP6"
)
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发表于 2012-2-25 19:36:10
