R语言 genoset包 genoPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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genoPlot(genoset)
genoPlot()所属R语言包：genoset

                                        genoPlot,-method
                                         genoPlot，的方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot data along the genome
沿基因组绘图数据


参数----------Arguments----------

参数：sample
A index or sampleName to plot
一个指数或sampleName的绘图


参数：element
character, name of element in assayData to plot
字符，名称在assayData到元素的绘制


参数：x
GenoSet (or descendant) or numeric with chromosome or genome positions
GenoSet（或后裔）或染色体或基因组位置的数字


参数：y
numeric or Rle, values to be used for y-dimension, run start and stop indices or numeric with all values mapped to values in x for x-dimension or index of sample to be plotted if x is a GenoSet.
Y-维值，数字或RLE，运行启动和停止指数或所有值映射到X-维或指数的样本被绘制，如果x是1 GenoSet的x值的数字。


参数：element
character, when x is a GenoSet, the name of the assayDataElement to plot from.
字符，当x是GenoSet的，名称的assayDataElement的绘制从。


参数：locs
RangedData, like locData slot of GenoSet
RangedData，像locData槽的GenoSet


参数：chr
Chromosome to plot, NULL by default for full genome
染色体图，NULL，默认情况下，为全基因组


参数：add
Add plot to existing plot
图加入到现有的图


参数：xlab
character, label for x-axis of plot
图x轴，标签字符


参数：ylab
character, label for y-axis of plot
图Y轴，标签字符


参数：col
character, color to plot lines or points
字符，颜色积线或点


参数：lwd
numeric, line width for segment plots from an Rle
数字，部分图的线宽从RLE


参数：pch
character or numeric, printing charactater, see points
字符或数字，印刷charactater，见分


参数：...
Additional plotting args
附加的绘图ARGS


Details

详情----------Details----------

genoPlot-methods: For a GenoSet object, data for a specified sample in a specified assayDataElement can be plotted along the genome.  One chromosome can be specified if desired. If more than one chromosome is present, the chromosome boundaries will be marked. Alternatively, for a numeric x and a numeric or Rle y, data in y can be plotted at genome positions y. In this case, chromosome boundaries can be taken from the argument locs. If data for y-axis comes from a Rle, either specified directly or coming from the specified assayData element and sample, lines are plotted representing segments.
genoPlot-methods：对于GenoSet对象中，可以沿着绘制基因组数据在指定assayDataElement的指定样品。如果需要，可以指定一个染色体。如果一个以上的染色体是存在的，将被标记染色体边界。另外，数字x和一个数字或RLEŸ，Y数据可以绘制基因组的位置Ÿ。在这种情况下，染色体的界限，可以采取从参数交通线。如果Y轴从RLE来的数据，无论是直接或指定的的指定assayData元素和样品未来，代表段线绘制。


值----------Value----------

genoPlot-methods: nothing
genoPlot-methods：无


作者（S）----------Author(s)----------


Peter M. Haverty



举例----------Examples----------


genoPlot( baf.ds,1,element="lrr")
genoPlot( genoPos(baf.ds), assayDataElement(baf.ds,"lrr")[,1], locs=locData(baf.ds) ) # The same[同一]

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