summarizeByAnnotation(Genominator)
summarizeByAnnotation()所属R语言包：Genominator
Summarize data based on genome annotation.
基于基因组注释的汇总数据。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function creates a summarization of columns of the data using specified SQLite functions, applying these summarization function to regions defined in an annotation data frame.
这个函数创建一个使用指定的SQLite功能的数据的列的总结，运用这些总结功能注释数据框中定义的区域。
用法----------Usage----------
summarizeByAnnotation(expData, annoData,
what = getColnames(expData, all = FALSE), fxs = c("TOTAL"),
groupBy = NULL, splitBy = NULL, ignoreStrand = FALSE, bindAnno = FALSE,
preserveColnames = TRUE, verbose = getOption("verbose"))
参数----------Arguments----------
参数：expData
An object of class ExpData.
对象类ExpData。
参数：annoData
A data frame which must contain the columns chr, start, end and strand which specifies annotation regions of interest.
一个数据框，其中必须包含列chr，start，end和strand指定利益注释区域。
参数：what
Vector of names of data columns to be summarized.
矢量数据列的名称来概括。
参数：fxs
Vector of strings giving the names of SQLite functions to call on the data column(s).
矢量给SQLite的功能调用的数据列（S）的名称的字符串。
参数：groupBy
Character vector refering to a column in annoData. Regions will be aggregated over distinct values of this column. Setting this argument will set bindAnno to TRUE. If splitBy is set, meta.id will override.
参考列在annoData特征向量。区域将聚集超过此列的不同值。设置此参数将设置bindAnnoTRUE。如果splitBy，meta.id将覆盖。
参数：splitBy
String indicating column of annoData object on which to split results.
annoData对象的字符串，表示列上分裂的结果。
参数：ignoreStrand
Logical indicating whether strand should be taken into account in aggregation. If TRUE strand will be ignored.
逻辑说明是否应考虑在聚合链。如果TRUE链将被忽略。
参数：bindAnno
Logical indicating whether annotation information should be included in the output.
逻辑表示注释信息是否应包括在输出。
参数：preserveColnames
Logical indicating whether column names should be preserved. Only possible when a single function is being applied.
逻辑表明是否列名应予以保留。唯一可能的，当一个函数被应用。
参数：verbose
Logical indicating whether details should be printed.
逻辑说明是否应印有细节。
Details
详情----------Details----------
Most of the computation is done using SQLite. Depending on the use case, this approach may be significantly faster and use much less memory than the alternative: use splitByAnnotation to retrieve a list with all the data and then use R to summarize over each element of the list. It is (naturally) constrained to the use of operations expressible in (SQLite) SQL.
最重要的是计算使用SQLite。根据使用的情况下，这种方法可能是速度明显加快，并用远低于替代的记忆：使用splitByAnnotation检索所有数据的列表，然后使用R总结列表中的每个元素。它是（自然）约束的使用操作（SQLite的）SQL表达。
If meta.id is set to a column in annoData, all regions with the same value of the meta.id will be joined together; a standard use case is labelleing exons of a gene.
如果meta.id设置到annoData列，相同的值与meta.id的所有区域将联手一种标准的使用案例labelleing的一个基因外显子。
值----------Value----------
If splitBy is not specified, returns a data frame containing results of aggregation functions performed on each region defined in annoData. If splitBy is specified, returns a list of data frames with one entry for each unique value of the column which was split on.
如果splitBy没有被指定，返回含有annoData定义每个区域进行聚合函数的结果的一个数据框。如果splitBy指定每个唯一值的列分裂的一个条目，返回一个数据框的列表。
作者（S）----------Author(s)----------
James Bullard <a href="mailto:bullard@berkeley.edu">bullard@berkeley.edu</a>, Kasper Daniel
Hansen <a href="mailto:khansen@jhsph.edu">khansen@jhsph.edu</a>
参考文献----------References----------
http://www.sqlite.org/lang_aggfunc.html has details on what
参见----------See Also----------
See Genominator vignette for more information, as well as the ExpData-class.
见更多信息Genominator小插曲，以及ExpData-class。
举例----------Examples----------
ed <- ExpData(system.file(package = "Genominator", "sample.db"),
tablename = "raw")
data("yeastAnno")
summarizeByAnnotation(ed, yeastAnno[1:50,])
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发表于 2012-2-25 19:32:48
