R语言 Genominator包 splitByAnnotation()函数中文帮助文档(中英文对照)

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splitByAnnotation(Genominator)
splitByAnnotation()所属R语言包：Genominator

                                         Split data into a list by annotation element.
                                         注释元素的数据分割成一个list。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function splits the data into a list of matrices, by annotation element.
此功能分割成一个矩阵列表的数据，注释元素。


用法----------Usage----------


splitByAnnotation(expData, annoData, what = "*",
  ignoreStrand = FALSE, expand = FALSE,
  addOverStrands = FALSE, verbose = getOption("verbose"))



参数----------Arguments----------

参数：expData
An object of class ExpData.  
对象类ExpData。


参数：annoData
A data frame which must contain the columns chr, start, end and strand which specifies annotation regions of interest.   
一个数据框，其中必须包含列chr，start，end和strand指定利益注释区域。


参数：what
Vector of names of columns of expData to be included in output.  
矢量expData要在输出中包含的列名。


参数：ignoreStrand
Logical indicating whether strand should be ignored.  If TRUE, data that falls into the annotation region, regardless of strand, is included.   
逻辑表明链是否应该被忽略。如果TRUE，到注释区域范围的数据，不管链，被列入。


参数：expand
Logical indicating whether positions with no data should be included in output.  If TRUE, lines are added to the output to give a value for each position, even if this value is 0.  
逻辑表示没有数据的位置是否应包括在输出。如果TRUE，行被添加到输出给每个位置的值，即使这个值是0。


参数：addOverStrands
Logical indicating whether data should be added across strands.  Only applies when expand is TRUE.  
逻辑表示数据是否应跨股增加。仅适用于当expand是TRUE。


参数：verbose
Logical indicating whether details should be printed.  
逻辑说明是否应印有细节。


Details

详情----------Details----------

This function retrieves the data contained in the regions of the annoData object.  The return object may be significant in size.
此函数检索在该区域的annoData对象中包含的数据。返回的对象可能是大小具有重要意义。


值----------Value----------

Returns a list of length equal to the number of annotation entries split upon.  Each list element is either a matrix of data, or a list with data matrices for each strand included (if expand is TRUE and addOverStrands is FALSE).
返回一个列表长度等于分裂后的注释条目的数量。每个列表元素可以是一个矩阵的数据，或数据矩阵为每个股的名单包括：（expand是TRUE和addOverStrands是FALSE）。


作者（S）----------Author(s)----------



James Bullard <a href="mailto:bullard@berkeley.edu">bullard@berkeley.edu</a>, Kasper Daniel
Hansen <a href="mailto:khansen@jhsph.edu">khansen@jhsph.edu</a>




参见----------See Also----------

See Genominator vignette for more information.
看到Genominator更多信息插曲。


举例----------Examples----------


ed <- ExpData(system.file(package = "Genominator", "sample.db"),
              tablename = "raw")
data("yeastAnno")
splitByAnnotation(ed, yeastAnno[1:30,])

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