R语言 Genominator包 computePrimingWeights()函数中文帮助文档(中英文对照)

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computePrimingWeights(Genominator)
computePrimingWeights()所属R语言包：Genominator

                                         Compute weights to correct for random hexamer priming.
                                         计算权重，纠正随机六聚体吸。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function computes weights used to correct for random hexamer priming, as per the reference.
此函数计算重量，用于纠正随机六聚体吸为参考。


用法----------Usage----------


computePrimingWeights(aln, biasedIndex = 1:2, unbiasedIndex = 24:29,
  weightsLength = 7L, returnSep = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：aln
An object of class AlignedRead.  
对象类AlignedRead。


参数：biasedIndex
A vector of start positions for the biased k-mers.  
偏颇的ķ-聚体的起始位置向量。


参数：unbiasedIndex
A vector of start positions for the unbiased k-mers.  
为公正的K-聚体的起始位置的向量。


参数：weightsLength
The length of the k-mers.  
K-聚体的长度。


参数：returnSep
A logical indicating whether the numerator and denominator of the weights should be return or the weights themselves.  
一个逻辑说明权重的分子和分母是否应该回报或本身的重量。


值----------Value----------

If returnSep = FALSE a named vector of weights.  Otherwise a list with two elements giving the numerator (p_unbiased) and the denominator (p_biased) of the weights.
如果returnSep = FALSE命名为向量的重量。否则，使分子具有两个元素的列表（p_unbiased）和分母（p_biased）的权重。


作者（S）----------Author(s)----------



Kasper Daniel Hansen <a href="mailto:khansen@jhsph.edu">khansen@jhsph.edu</a>.




参考文献----------References----------

transcriptome sequencing caused by random hexamer priming.  Nucleic Acids Res, doi:10.1093/nar/gkq224

参见----------See Also----------

addPrimingWeights and the extended example in the 'Working with ShortRead' vignette.
addPrimingWeights“中的插曲”与ShortRead工作的扩展的例子。


举例----------Examples----------


if(require(ShortRead)) {
  bwt.file <- system.file("extdata", "bowtie", "s_1_aligned_bowtie.txt",
                          package="ShortRead")
  aln <- readAligned(bwt.file, type = "Bowtie")
  weights <- computePrimingWeights(aln, weightsLength = 2L)
  aln <- addPrimingWeights(aln, weights = weights)
  head(alignData(aln)$weights)
}

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