R语言 Genominator包 applyMapped()函数中文帮助文档(中英文对照)

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applyMapped(Genominator)
applyMapped()所属R语言包：Genominator

                                         Apply a function over mapped data.
                                         应用超过映射数据的功能。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Apply a function over each element of a list containing data subsets, organized by annotation, with an additional argument for the annotation element associated with the list item.
申请超过一个数据子集，由注释举办，含注释元素与列表项相关的其他参数列表中的每个元素的功能。


用法----------Usage----------


applyMapped(mapped, annoData, FUN, bindAnno = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：mapped
A list of data subsets, typically the return value of a call to splitByAnnotation.  Names should  correspond to names of annoData object.  
一个数据子集的列表，通常是一个splitByAnnotation调用的返回值。名称应该对应到annoData对象的名称。


参数：annoData
A data frame which must contain the columns chr, start, end and strand which specifies annotation regions of interest.   
一个数据框，其中必须包含列chr，start，end和strand指定利益注释区域。


参数：FUN
A function of two arguments, the first being an element of mapped, the second being the corresponding element of annoData.  
两个参数的函数，首先是mapped，第二annoData的相应元素的元素。


参数：bindAnno
Logical indicating whether annotation information should be included in the output.  If TRUE it assumes the output of FUN is conformable into a data.frame.   
逻辑表示注释信息是否应包括在输出。如果TRUE它假设的FUN输出到data.frame相适应。


值----------Value----------

If bindAnno is FALSE, returns a list containing the output of FUN for each element of the original mapped argument.  If bindAnno is TRUE, returns a data frame, containing annotation information and output of FUN.
如果bindAnno是FALSE，返回一个列表，其中包含原FUN参数中的每个元素mapped输出。 bindAnno如果是TRUE，返回一个数据框，包含注释信息和输出FUN。


作者（S）----------Author(s)----------


James Bullard <a href="mailto:bullard@berkeley.edu">bullard@berkeley.edu</a>, Kasper Daniel
Hansen <a href="mailto:khansen@jhsph.edu">khansen@jhsph.edu</a>



参见----------See Also----------

See Genominator vignette for more information.  
看到Genominator更多信息插曲。


举例----------Examples----------


ed <- ExpData(system.file(package = "Genominator", "sample.db"),
              tablename = "raw")
data("yeastAnno")
s <- splitByAnnotation(ed, yeastAnno[1:100,],
                       what = getColnames(ed, all = FALSE),
                       ignoreStrand = TRUE, addOverStrand = TRUE)

## compute the per-base rate for this dataset.[＃按基准利率计算，这个数据集。]
applyMapped(s, yeastAnno, function(dta, anno) {
   colSums(dta, na.rm = TRUE)/(anno$end - anno$start + 1)
}, bindAnno = TRUE)[1:4,]

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