R语言 GenomicRanges包 GenomicRanges-comparison()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GenomicRanges-comparison(GenomicRanges)
GenomicRanges-comparison()所属R语言包：GenomicRanges

                                        Ordering and comparing genomic ranges
                                         排列和比较基因组范围

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Methods for ordering and comparing the elements in one or more GenomicRanges objects.
为在一个或多个GenomicRanges对象的元素排序和比较的方法。


Details

详情----------Details----------

Two elements of a GenomicRanges object (i.e. two genomic ranges) are considered equal iff they are on the same underlying sequence and strand, and have the same start and width. The duplicated and unique methods for GenomicRanges objects are using this equality.
一个GenomicRanges对象（即两个基因组范围）的两个元素被认为是平等的，当且仅当它们是相同的基本序列和钢绞线，并有相同的起点和宽度。 duplicated和unique的GenomicRanges对象方法使用的是这种平等。

The "natural order" for the elements of a GenomicRanges object is to order them (a) first by sequence level, (b) then by strand, (c) then by start, (d) and finally by width. This way, the space of genomic ranges is totally ordered. Note that the reduce method for GenomicRanges uses this "natural order" implicitly. Also, note that, because we already do (c) and (d) for regular ranges (see ?`Ranges-comparison`), genomic ranges that belong to the same underlying sequence and strand are ordered like regular ranges. The order, sort and rank methods for GenomicRanges objects are using this "natural order".
为一个GenomicRanges对象的元素的“自然秩序”，是命令他们（一）由序列水平，（B）然后通过链（C），然后按开始，（d）和最后通过的宽度。通过这种方式，基因组范围内的空间被完全排序。注意reduceGenomicRanges方法，使用这种“自然秩序”隐。此外，请注意，因为我们已经做的（c）和（d）为常规范围（见?Ranges-comparison），属于相同的基本序列和钢绞线的基因组范围像一般范围有序。 order，sort和rankGenomicRanges对象的方法，使用这种“自然秩序”。

Also the ==, !=, <=, >=, < and > operators between 2 GenomicRanges objects are using this "natural order".
==，!=，<=，>=，<和>2 GenomicRanges对象之间的运营商正在使用这种“自然秩序” 。


参见----------See Also----------

GenomicRanges-class, Ranges-comparison
GenomicRanges级，范围比较


举例----------Examples----------


gr <- GRanges(
        seqnames=Rle(c("chr1", "chr2", "chr1", "chr3"), c(1, 3, 2, 4)),
        ranges=IRanges(1:10, end=10),
        strand=Rle(strand(c("-", "+", "*", "+", "-")), c(1, 2, 2, 3, 2)),
        seqlengths=c(chr1=11, chr2=12, chr3=13))

duplicated(gr)
duplicated(c(gr[4], gr))
unique(gr)
unique(c(gr[4], gr))
order(gr)
sort(gr)
rank(gr)

gr[2] == gr[2]  # TRUE[真]
gr[2] == gr[5]  # FALSE[假]
gr == gr[4]
gr >= gr[3]

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