R语言 genomes包 sra()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

sra(genomes)
sra()所属R语言包：genomes

                                         Microbial SRA samples at the ENA
                                         在ENA微生物特别储备金帐户样品

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Next-generation sequencing projects from microbes in the Sequence Read Archive (SRA) at the European Nucleotide Archive (ENA).
在欧洲核苷酸档案（ENA）的阅读存档（SRA）的下一代测序序列中的微生物项目。


用法----------Usage----------


data(sra)



格式----------Format----------

A data frame with 18279 observations on the following 13 variables.
与18279在以下13个变量的观测数据框。




taxid  taxonomy id
taxid分类编号




name  scientific name (if missing, then title)
name学名（如果丢失，然后标题）




alias  name qualifier from alias attribute
alias别名限定符属性




sample  SRA sample
sample储备金帐户样本




submission SRA submission
submission储备金帐户提交




study  SRA study
study特别储备金帐户的研究




experiment SRA experiment
experiment储备金帐户实验




center sequencing center
center测序中心




bases  number of bases
bases碱基




reads  number of reads
reads读取数




submit  submission date
submit提交日期




model  model of sequencer
model模型序




type  study type
type学习型


Details

详情----------Details----------

Downloaded from ENA on Oct 27, 2011.  Created by joining enaSRA("Bacteria") and  enaSRA("Archaea") and adding submission dates using enaSubmission, model  using enaExperiment and study type using enaStudy.  Microbes represent ~6% of the total bases in the SRA.
2011年10月27日，从ENA的下载。加入enaSRA("Bacteria")和enaSRA("Archaea")加入提交创建日期使用enaSubmission“学习型，使用enaExperiment使用enaStudy，模型。微生物代表~6％，对SRA的总碱基。


源----------Source----------

SRA sample portal at ENA
在ENA的储备金帐户示例门户


举例----------Examples----------


data(sra)

table2(species( sra$name))
table2(sra$center)
table2(sra$model)
table2(sra$study)

#Average read lengths by model[平均读取长度由模型]
data.frame(read=round(tapply(sra$bases/sra$reads, list(sra$model ), mean, na.rm=TRUE), 1))

# image plot by model and year[通过模型和今年的形象图]
y <- tapply(sra$bases, list(sra$model, year( sra$submit ) ), sum, na.rm=TRUE)
image2( y / 1e9, mar=c(1,11, 4,1) , log=TRUE, round=1)
title("Total microbial bases submitted per year (billions)", cex.main=1, line=2)



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