ncbiRelease(genomes)
ncbiRelease()所属R语言包:genomes
NCBI revision history
NCBI的修订历史
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Returns the date a sequence was first seen at NCBI using the revision history display.
返回序列首次在NCBI使用修订历史记录显示的日期。
用法----------Usage----------
ncbiRelease(ids, db="nuccore", common=TRUE, random=20)
参数----------Arguments----------
参数:ids
A vector or comma-separated list of sequence accessions or GI numbers
一个序列加入或GI号码的向量或逗号分隔的列表
参数:db
Entrez sequence database to search, default nuccore
Entrez的序列数据库进行搜索,默认nuccore
参数:common
If replaced sequences are found, search for the earliest date in the common revision history
如果更换的序列被发现,搜索的最早日期,在共同的修订历史
参数:random
The number of replaced sequences to search
取代序列搜索
Details
详情----------Details----------
Searches the revision history display and parses the line listing the date a sequence was first seen at NCBI. In some cases, a sequence replaces earlier IDs and if the common option is TRUE, the earliest date of the replaced sequences is returned instead. Also, since a sequence accession may replace 500 or more ids, a random sample of the replaced sequences will be checked.
搜索修订历史记录显示,解析行列出序列在NCBI的日期。在某些情况下,一个序列取代了较早的ID和common选项是如果返回TRUE,替换序列的最早日期。此外,由于一个序列加入可能取代500个或更多的ID,替换序列的随机抽样检查。
值----------Value----------
A data frame listing the accession, release date, and whether replaced sequences are found
列出加入一个数据框,发行日期,以及是否更换序列被发现
作者(S)----------Author(s)----------
Chris Stubben
举例----------Examples----------
#Yersinia pestis - 1 chromosome and 3 plasmids[鼠疫耶尔森氏菌 - 1号染色体和3质粒]
ncbiRelease("AL590842,AL117189,AL109969,AL117211")
# or skip common revision history[或跳过共同修订历史]
ncbiRelease("AL590842", common=FALSE)
# Protein acc[蛋白质ACC]
ncbiRelease("CAA21395", db="protein")
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注:
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注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
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