R语言 genomes包 ncbiNucleotide()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ncbiNucleotide(genomes)
ncbiNucleotide()所属R语言包：genomes

                                         NCBI Nucleotide database
                                         NCBI的核苷酸数据库

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Search Entrez Nucleotide at NCBI and retrieve summary tables
搜索Entrez的核苷酸在NCBI和检索汇总表


用法----------Usage----------


ncbiNucleotide(term, fulltable = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：term
Any valid combination of Entrez search terms or a vector of accessions numbers  
Entrez的搜索字词或向量的加入数字的任何有效组合


参数：fulltable
Return all summary fields  
返回所有汇总字段


Details

详情----------Details----------

Returns a summary from Entrez Nucleotide.  
返回从Entrez的核苷酸的总结。


值----------Value----------

A genomes data frame with acc, name, released, taxid, size and gi.  
一个基因组数据框与ACC，名称，发布，taxid，大小和胃肠道。


作者（S）----------Author(s)----------


Chris Stubben



参考文献----------References----------

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/.

参见----------See Also----------

ncbiGenome
ncbiGenome


举例----------Examples----------


ncbiNucleotide("AL117189,AL109969,AL117211")
# Exclude Patents and Refseq which are usually duplicates[排除通常是重复的专利和的RefSeq]
marb <- ncbiNucleotide( "Marburgvirus[ORGN] NOT gbdiv_pat[PROP] NOT srcdb_refseq[PROP]")
marb
# two peaks in size distribution (partial and complete sequences)[两个粒度分布峰（局部和完整的序列）]
hist(marb$size, col="blue", br=30, main="Marburg virus sequences", xlab="Length (bp)")

# Compare to NCBI Genomes (1 reference and 19 neighbors= 20)[比较NCBI的基因组（1参考和19邻居= 20）]
marbg <-ncbiGenome("Marburgvirus[ORGN]",  neighbor=TRUE)
# Remove "nucleoprotein (NP)... genes" from 3 long deflines for display[从3长deflines显示，删除“核蛋白（NP）...基因”]
marb$name <- gsub("(.*)( nucleoprotein.*)(, complete.*)", "\1\3",  marb$name)
# 13 genomes out of 33 missing links to Entrez Genome [13个基因组的33 Entrez的基因缺失环节]
data.frame(subset(marb, size > 16000 &amp; !acc %in% marbg$acc))


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