R语言 GenomeGraphs包 Transcript-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

Transcript-class(GenomeGraphs)
Transcript-class()所属R语言包：GenomeGraphs

                                        Represent known transcript isoforms as annoted by Ensembl
                                         作为Ensembl的annoted的代表已知的转录异构体

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Represent known transcript isoforms as annoted by Ensembl
作为Ensembl的annoted的代表已知的转录异构体


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("Transcript", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("Transcript", ...)。


插槽----------Slots----------




id: Object of class "character", represents the gene identifier that should be used to retrieve the tanscript level annotation
id：对象类"character"，代表应用于检索的tanscript的水平注解的基因识别




type: Object of class "character", represents the type of identifiers used to specify the gene e.g. hgnc\_symbol, entrezgene and ensembl\_gene\_id
type：Object类的"character"，代表类型的标识符，用于指定的基因，例如hgnc \ _symbol，entrezgene和Ensembl \ _gene \的_id




transcriptSize: Object of class "numeric", represents the size of the transcripts in the plot
transcriptSize：Object类的"numeric"，代表图大小的成绩单




numOfTranscripts: Object of class "numeric", should not be used bu users
numOfTranscripts：对象类的"numeric"，不应该被用来BU用户




biomart: Object of class "Mart", containing the links to the Ensembl database.  This object should be created with the useMart function of the biomaRt package
biomart：Object类的"Mart"，Ensembl的数据库的链接。此对象应建立与的biomaRt包的useMart的功能




ens: Object of class "data.frame", should not be used by the users.  Contains the output from the biomaRt query
ens：类的"data.frame"，对象不应由用户使用。包含从biomaRt查询输出


方法----------Methods----------




drawGD signature(.Object = "Transcript"): ...
drawGDsignature(.Object = "Transcript")...




initialize signature(.Object = "Transcript"): ...
初始化signature(.Object = "Transcript")...




show signature(object = "Transcript"): ...
显示signature(object = "Transcript")：...


作者（S）----------Author(s)----------


Steffen Durinck



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   objects to See Also as <code>gdPlot</code>

举例----------Examples----------


if(interactive()){
data("unrData", package="GenomeGraphs")
mart = useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")
transcript = new("Transcript", id ="ENSG00000009307" , biomart = mart)
gdPlot(list(transcript), minBase = min(exon@probeStart), maxBase=max(exon@probeEnd))
}

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注：
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