R语言 GenomeGraphs包 HighlightRegion-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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HighlightRegion-class(GenomeGraphs)
HighlightRegion-class()所属R语言包：GenomeGraphs

                                        Class "HighlightRegion" is used to highlight vertical blocks of
                                         用于类“HighlightRegion”突出垂直块

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

HighlightRegion is used to highlight a genomic region of interest. The class offers the ability to highlight or block
HighlightRegion用于突出一个感兴趣的基因组区域。类提供能力突出或阻止


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("HighlightRegion", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("HighlightRegion", ...)。


插槽----------Slots----------




start: Object of class "numeric" genomic start position.
start类"numeric"基因组的起始位置的对象。




end: Object of class "numeric" genomic end
end类"numeric"基因年底对象




region: Object of class "numericOrNull" start and end number of the tracks to be covered by the region. These start from the first track (top = 1) to the last track:
region类"numericOrNull"开始和结束，要由该区域所涵盖的曲目数量的对象。这些从第一首曲目（顶部= 1）的最后一首曲目的开始：




coords: Object of class "character" can be either "genomic" or "absolute", if the coordinates are "absolute" then one can plot things using the coordinate space defined by: lower-left (0,0) upper-right (1,1). In this case, start = x0, end = x1 and then region = (y0, y1). See the examples for more details.
coords："character"类对象可以是“基因”或“绝对”，如果坐标是“绝对”，那么就可以绘制的东西使用的坐标空间中定义：左下（0,0），右上角（1,1）。在这种情况下，开始= X0，结束= x1和区域则=（Y0，Y1）。看到更详细的例子。




dp: Object of class "DisplayPars" specifys the various display parameters.
dp："DisplayPars"类对象specifys各种显示参数。


延伸----------Extends----------

Class "gdObject", directly.
类"gdObject"，直接。


方法----------Methods----------

No methods defined with class "HighlightRegion" in the signature.
没有任何方法定义类的“HighlightRegion”签名。


作者（S）----------Author(s)----------


James Bullard



举例----------Examples----------


if (interactive()) {
data("exampleData", package="GenomeGraphs")

ga <- new("GenomeAxis")
grF <- new("GeneRegion", start = 10000, end = 20000, chromosome = "I", strand = "+", biomart = yeastMart)
grR <- new("GeneRegion", start = 10000, end = 20000, chromosome = "I", strand = "-", biomart = yeastMart)
bt <- new("BaseTrack", base = yeastCons1[,1], value = yeastCons1[,2])
hr1 <- new("HighlightRegion", start = 11000, end = 13000,
           dp = DisplayPars(alpha = 1, color = "red", lty = "dashed", lwd = 3))
hr2 <- new("HighlightRegion", start = 15900, end = 16500)
         
gdPlot(list(grF, ga, grR, bt), highlightRegions = list(hr1, hr2))
}

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