geneRegionBiomart(GenomeGraphs)
geneRegionBiomart()所属R语言包:GenomeGraphs
Construct an AnnotationTrack object from biomaRt.
构建一个从biomaRt AnnotationTrack对象。
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function constructs an AnnotationTrack object from Biomart. It is a convenience function.
这个函数构造一个从Biomart AnnotationTrack对象。这是一个方便的功能。
用法----------Usage----------
geneRegionBiomart(chr, start, end, strand, biomart, dp = NULL, chrFunction = function(x) x, strandFunction = function(x) x)
参数----------Arguments----------
参数:chr
chr An integer
chr整数
参数:start
start The start location
start开始位置
参数:end
end The end location
end结束位置
参数:strand
strand An integer -1, 0, 1
strand整数-1,0,1
参数:biomart
biomart A mart
biomart集市
参数:dp
dp DisplayPars object
dp的DisplayPars的对象
参数:chrFunction
chrFunction A function which takes chr and converts it into the correct representation for biomaRt. For instance yeast likes to have chromosomes as roman numerals so you can use as.roman here.
chrFunction以chr它转换成的正确biomaRt表示一个功能。例如酵母喜欢有罗马数字的染色体,所以你可以在这里使用as.roman。
参数:strandFunction
strandFunction Analagous to chrFunction, but for strand. The internal representation of strand is -1,0,1 whereas biomaRt has different species dependent representations.
strandFunctionAnalagous chrFunction,但链。链内部表示-1,0,1,而biomaRt有不同的物种依赖交涉。
值----------Value----------
An AnnotationTrack object.
一个AnnotationTrack对象。
作者(S)----------Author(s)----------
James Bullard
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注:
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