R语言 GenomeGraphs包 GeneRegion-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GeneRegion-class(GenomeGraphs)
GeneRegion-class()所属R语言包：GenomeGraphs

                                        Class "GeneRegion", representing gene structures in a defined genomic region
                                         类“GeneRegion”，即在一个确定的基因组区域的基因结构

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a start and end position and a chromosome name, all gene structures in this region will be retrieved from Ensembl upon creation of the object.
开始和结束位置和染色体的名字，将在这一区域的所有基因结构创建对象后，从Ensembl的检索。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("GeneRegion", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("GeneRegion", ...)。


插槽----------Slots----------




start: Object of class "numeric", start position
start类"numeric"，开始位置：对象




end: Object of class "numeric", end position
end类"numeric"，结束位置的对象




chromosome: Object of class "character", chromosome name
chromosome：对象类"character"，染色体的名字




strand: Object of class "character", represents the strand from which the gene structures should be retrieved.  Value is either + or -
strand：Object类的"character"，代表了从基因结构应该检索链。值是+或 -




biomart: Object of class "Mart", containing the link to the Ensembl database.  This should be created by the useMart function from the biomaRt package
biomart：Object类的"Mart"，包含Ensembl的数据库的链接。这应该建立由从biomaRt包的useMart的功能




ens: Object of class "data.frame", output of the biomaRt query, should not be used by users
ens：Object类的"data.frame"，输出的biomaRt查询，不应该被用户使用


方法----------Methods----------




drawGD signature(.Object = "GeneRegion"): ...
drawGDsignature(.Object = "GeneRegion")...




initialize signature(.Object = "GeneRegion"): ...
初始化signature(.Object = "GeneRegion")...




show signature(object = "GeneRegion"): ...
显示signature(object = "GeneRegion")：...


作者（S）----------Author(s)----------


Steffen Durinck



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   objects to See Also as <code>gdPlot</code>

举例----------Examples----------


if(interactive()){
mart = useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")
plusStrand = new("GeneRegion", chromosome = "17", start = 30450000, end = 30550000, strand = "+", biomart = mart)
genomeAxis = new("GenomeAxis", add53=TRUE)
gdPlot(list(genomeAxis, plusStrand), minBase = 30450000, maxBase =  30550000)
}

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