R语言 GenomeGraphs包 Gene-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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Gene-class(GenomeGraphs)
Gene-class()所属R语言包：GenomeGraphs

                                        Class "Gene" represents the Ensembl Gene level annotation
                                         “基因”类代表Ensembl的基因水平注解

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Class "Gene" represents the Ensembl Gene level annotation.  Upon creation of an object of this class, intron and exon boundaries are retrieved from Ensembl
“基因”类代表Ensembl的基因水平的注解。创建这个类的对象时，内含子和外显子的边界从Ensembl的检索


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("Gene", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("Gene", ...)。


插槽----------Slots----------




id: Object of class "character", representing a unique identifier for the gene or a vector of identifiers for genes that are located near each other (or at least on the same chromosome)
id：Object类的"character"，一个位于靠近对方的基因或基因标识符的向量（或至少在同一条染色体上）的唯一标识符




type: Object of class "character", representing the type of identifier used, e.g. hgnc\_symbol, entrezgene and ensembl\_gene\_id, check the listFilters function of the biomaRt package for more identifier options
type：Object类的"character"，代表使用的标识符类型，例如： hgnc \ _symbol，entrezgene和Ensembl \ _gene \的_id，检查更多的标识符选项的biomaRt包listFilters功能




biomart: Object of class "Mart", contains the link to the Ensembl database and should be created using the useMart function from the biomaRt package
biomart："Mart"类的对象，包含Ensembl的数据库的链接，并应建立使用从biomaRt包useMart功能




ens: Object of class "data.frame", contains the output from the Ensembl query, users don't need to give a value to this
ens：Object类的"data.frame"，包含从Ensembl的查询输出，用户并不需要给值


方法----------Methods----------




initialize signature(.Object = "Gene"): ...
初始化signature(.Object = "Gene")...




drawGD signature(.Object = "Gene"): ...
drawGDsignature(.Object = "Gene")...




show signature(object = "Gene"): ...
显示signature(object = "Gene")：...


作者（S）----------Author(s)----------


Jim Bullard and Steffen Durinck



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   objects to See Also as <code>gdPlot</code>

举例----------Examples----------


if(interactive()){
mart = useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")
gene = new("Gene", id = "ENSG00000095203", type="ensembl_gene_id", biomart = mart)
gdPlot(list(gene), minBase= 110974000, maxBase = 111122900)
}

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