R语言 genoCN包 init.Para.CNV()函数中文帮助文档(中英文对照)

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init.Para.CNV(genoCN)
init.Para.CNV()所属R语言包：genoCN

                                         Initial parameters for the HMM of genoCNV
                                         为genoCNV HMM的初始参数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

a list of initial values for the parameters genoCNV.
一个初始参数genoCNV值的名单。


用法----------Usage----------


data(init.Para.CNV)



格式----------Format----------

The format is a list of 16 items
该格式是一种16个项目的列表

pi.r a vector of length N, where N is the number of states. pi.r[j] is the prior probability of the uniform component of log R ratio for state j
pi.ra向量的长度为N，其中N是若干国家。 pi.r [J]是统一的组件的logR比前状态j的概率

mu.r a vector of length N, where N is the number of states. mu.r[j] is mean value of the normal component of log R ratio for state j
mu.ra向量的长度为N，其中N是若干国家。 mu.r [J]logR比正常分量的平均值为状态j

sd.r a vector of length N, where N is the number of states. sd.r[j] is standard deviation of the normal component of log R ratio for state j
sd.ra向量的长度为N，其中N是若干国家。 sd.r [J]logR比正常组成部分的标准偏差为状态j

mu.r.upper, mu.r.lower two vectors of the same size of mu.r, incating the upper/lower bound of mu.r
的mu.r开往mu.r.upper，mu.r.lower两个向量的大小相同的mu.r，incating上/下

sd.r.upper, sd.r.lower two vectors of the same size of sd.r, indicating the upper/lower bound of sd.r
的sd.r开往sd.r.upper，sd.r.lower两个向量的sd.r大小相同，表明上/下

pi.b a vector of length N, where N is the number of states. pi.b[j] is the prior probability of the uniform component of B allele frequency for state j
pi.ba向量的长度为N，其中N是若干国家。 pi.b [J]是B等位基因频率的统一组成部分的状态j的先验概率

mu.b a matrix of N*M, where N is the number of states, and M is the maximum number of components of each states. mu.b[i,j] indicates the mean value of the j-th component of the i-th state
mu.ba N * M个，其中N是数个国家，和M矩阵的最大数量是每个国家的组成部分。 mu.b [I，J]表示的第i个国家的第j个分量的平均值

sd.b a matrix of the same size of mu.b, specifying the standard deviations
矩阵的大小相同的mu.b sd.ba，指定的标准偏差

mu.b.upper, mu.b.lower two matrices of the same size of mu.b, incating the upper/lower bound of mu.b
的mu.b开往mu.b.upper，mu.b.lower两个矩阵的大小相同的mu.b，incating上/下

sd.b.upper, sd.b.lower two matrices of the same size of sd.b, indicating the upper/lower bound of sd.b
sd.b.upper，sd.b.lower两个矩阵的sd.b大小相同，表明上/下的sd.b约束

trans.m transition probability matrix of size N*N. The diagonal elements are not used.
trans.m过渡大小的概率矩阵N * N不使用的对角线元素。

trans.begin a matrix of size S*N, where S is the number of chromosomes, and N is the number of states.  trans.begin[s,] are the state probabilities for the fist probe of the s-th chromosome. By default, we assume there is only one chromosome, therefore it is a matrix of 1*N.
trans.begin矩阵大小为S * N，其中S是染色体的数目，N是若干国家。 trans.begin [，]第S-染色体的拳头探针的状态的概率。默认情况下，我们假设染色体只有一个，因此它是一个1 * N矩阵


举例----------Examples----------


data(init.Para.CNV)

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注：
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