R语言 GeneSelector包 RankingPermutation()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

RankingPermutation(GeneSelector)
RankingPermutation()所属R语言包：GeneSelector

                                        Ranking based on permutation tests.
                                         综合排列测试。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function is a wrapper for mt.sample.teststat from the package multtest (Dudoit et al., 2003). The ranking is based on permutation p-values first, followed by the absolute value of the statistic.
函数是一个包装mt.sample.teststat包multtest（Dudoit等，2003）。基于置换p值的绝对值统计，排名。


用法----------Usage----------


RankingPermutation(x, y, type = "unpaired", B = 100, gene.names = NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
A matrix of gene expression values with rows corresponding to genes and columns corresponding to observations or alternatively an object of class ExpressionSet.
一个matrix基因表达值与相应的基因和相应的意见，或者一个对象类ExpressionSet列行。


参数：y
If x is a matrix, then y may be a numeric vector or a factor with at most two levels.<br> If x is an ExpressionSet, then y is a character specifying the phenotype variable in the output from pData.
x如果是一个矩阵，然后y可能是一个numeric矢量或在大多数两个级别的一个因素。参考如果x是ExpressionSet ，然后y是一个字符指定在pData输出型变量。


参数：type
Only the two sample case, type="unpaired" is possible.
只有两个样本的情况下，type="unpaired"是可能的。


参数：B
The number of permutations to generate. Defaults to 100, but should be increased if computing power admits. Taking B too high, however, can lead to long computation time, especially if the function is called from RepeatRanking
生成的排列数。默认为100，但应增加计算能力的承认。以B太高，但是，可能会导致计算时间长，特别是如果该函数称为RepeatRanking


参数：gene.names
An optional vector of gene names.
一个基因名称可选的向量。


参数：...
Further arguments passed to mt.sample.teststat from the package multtest. Can be used, for example, to select the statistic to be computed. By default this is "t.equalvar" (t-test with equal variances assumed).
进一步的参数传递包mt.sample.teststatmulttest。可以使用，例如，选择要计算的统计。默认情况下，这是"t.equalvar"（t检验方差相等的假设）。


值----------Value----------

An object of class GeneRanking
一个对象的类GeneRanking


注意----------Note----------

The p-values, on which the ranking is primarily based, suffer from the discreteness of the procedure. They follow a step function
P-值，其中排名的主要依据，遭受从离散的过程。他们遵循一个阶梯函数


作者（S）----------Author(s)----------


Martin Slawski <br>
Anne-Laure Boulesteix



参考文献----------References----------

Multiple Hypothesis Testing in Microarray Experiments

参见----------See Also----------

RepeatRanking, RankingTstat, RankingFC, RankingWelchT, RankingWilcoxon, RankingBaldiLong, RankingFoxDimmic, RankingLimma,  RankingEbam, RankingWilcEbam, RankingSam,
RepeatRanking，RankingTstat，RankingFC，RankingWelchT，RankingWilcoxon，RankingBaldiLong，RankingFoxDimmic，RankingLimma，RankingEbam，RankingWilcEbam，RankingSam


举例----------Examples----------


### Load toy gene expression data[＃负载玩具基因表达数据]
data(toydata)
### class labels[＃＃类的标签]
yy <- toydata[1,]
### gene expression[＃＃基因表达]
xx <- toydata[-1,]
### run RankingPermutation (100 permutations)[＃＃运行RankingPermutation的（100排列）]
perm <- RankingPermutation(xx, yy, B=100, type="unpaired")

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。