R语言 GeneRegionScan包 addSnpPdata()函数中文帮助文档(中英文对照)

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addSnpPdata(GeneRegionScan)
addSnpPdata()所属R语言包：GeneRegionScan

                                        Add SNP data from hapmap-style data file to pData of ExpressionSet
                                         从人类基因组单体型图式的数据文件ExpressionSet PDATA加入SNP数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function that will add genotypes to an ExpressionSet when given a data file with genotypes in the same format as outputted by http://www.hapmap.org.
功能，将增加基因型ExpressionSet，与基因型相同的格式的数据文件由http://www.hapmap.org输出。


用法----------Usage----------


    addSnpPdata(object, listOfSnps, individualNames="sampleNames")



参数----------Arguments----------

参数：object
A ProbeLevelSet object or a regular ExpressionSet object (in which case a probeData argument is required). See getLocalProbeIntensities and related functions on how to create a ProbeLevelSet.
一个ProbeLevelSet对象或定期ExpressionSet对象（在这种情况下probeData参数是必需的）。如何创建一个ProbeLevelSet getLocalProbeIntensities和相关职能。


参数：listOfSnps
A character string giving the path of a file containing SNP data in the same format as used by the export function of www.hapmap.org.
一个字符串包含的SNP作为由出口www.hapmap.org功能使用相同格式的数据文件的路径。


参数：individualNames
An optional character string giving the column name of a pData entry that holds the individual names as given in the listOfSnps. This defaults to using the sampleNames, and is useful in cases with replicate or triplicate samples
一个可选的字符串，一的PDATA进入，保存在listOfSnps的个人的名字列名。默认这种使用sampleNames的，在复制或一式三份样品的情况下非常有用


Details

详情----------Details----------

A function that takes an ExpressionSet and the path for a SNP-file. The SNP-file should have the same format as  files downloaded from http://www.hapmap.org. The function then checks if the sampleNames are present in the SNP-file. If they are, it decorates the ExpressionSet with the SNPs. If the snp name already exists as a column name in the pData, the function tries to merge the new information from listOfSnps with the new. Original NA values are overwritten by new values. Original values that are the same as new values are kept the same. Original values that are not the same as new values are preserved in their original state and a warning is given.
一个函数，它的ExpressionSet一个SNP文件的路径。 SNP的文件应该有相同的格式作为从http://www.hapmap.org下载文件。然后检查是否sampleNames是在SNP文件的功能。如果是这样，它装饰的SNPs ExpressionSet。如果SNP的名字已经存在，在PDATA列名作为函数试图合并与新从listOfSnps的新信息。原适用的值是新值覆盖。作为新的价值观是相同的原始值保持不变。作为新的价值观不相同的原始值被保存在其原始状态，并给予警告。


值----------Value----------

The same ProbeLevelSet or ExpressionSet given as argument, but with the SNP type data added to the pData and with the extra information of the listOfSnps file added to the notes section.
相同ProbeLevelSet或ExpressionSet作为参数，但与SNP类型的数据添加到PDATA和的listOfSnps文件的额外信息添加到说明部分。


作者（S）----------Author(s)----------


Lasse Folkersen



参见----------See Also----------

getLocalProbeIntensities,plotOnGene
getLocalProbeIntensities，plotOnGene


举例----------Examples----------



        ## Not run: [＃无法运行：]
        hapmapformatdata<-"~/somefile.txt"
        probelevelsetwithsnps<-addSnpPdata(probelevelset,hapmapformatdata)
       
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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