R语言 genefu包 sig.score()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sig.score(genefu)
sig.score()所属R语言包：genefu

                                         Function to compute signature scores as linear combination of gene expressions
                                         函数来计算分数作为基因表达的线性组合的签名

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function computes a signature score from a gene list (aka gene signature), i.e. a signed average as published in Sotiriou et al. 2006 and Haibe-Kains et al. 2009.
此函数计算从基因列表（又称基因签名）签名得分，即签署的平均在Sotiriou等出版。 2006年和Haibe-Kains等。 2009年。


用法----------Usage----------


sig.score(x, data, annot, do.mapping = FALSE, mapping, size = 0,
  cutoff = NA, signed = TRUE, verbose = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
Matrix containing the gene(s) in the gene list in rows and at least three columns: "probe", "EntrezGene.ID" and "coefficient" standing for the name of the probe, the NCBI Entrez Gene id and the coefficient giving the direction and the strength of the association of each gene in the gene list.  
矩阵包含的基因列表中的行和至少三列的基因（S）：“探针”，“EntrezGene.ID”和“系数”为探针，在NCBI Entrez基因ID和名称的地位系数给予的方向和强度的基因列表中的每个基因的关联。


参数：data
Matrix of gene expressions with samples in rows and probes in columns, dimnames being properly defined.  
矩阵中的行和列的探针样品的基因表达，dimnames被正确定义。


参数：annot
Matrix of annotations with at least one column named "EntrezGene.ID", dimnames being properly defined.  
矩阵至少有一列名为“EntrezGene.ID”的注释，dimnames被正确定义。


参数：do.mapping
TRUE if the mapping through Entrez Gene ids must be performed (in case of ambiguities, the most variant probe is kept for each gene), FALSE otherwise.  
TRUE如果通过Entrez基因ID的映射必须执行（含糊不清的情况下，每个基因保存最变种探针），FALSE否则。


参数：mapping
Matrix with columns "EntrezGene.ID" and "probe" used to force the mapping such that the probes are not selected based on their variance.  
列“EntrezGene.ID”和“探针”使用强制映射探针没有被选中，根据其方差矩阵。


参数：size
Integer specifying the number of probes to be considered in  signature computation. The probes will be sorted by absolute value of coefficients.  
整数，指定在签名计算的探针数量。探针将系数的绝对值排序。


参数：cutoff
Only the probes with coefficient greater than cutoff will be considered in signature computation.  
只有探针系数比cutoff将在签名计算考虑。


参数：signed
TRUE if only the sign of the coefficient must be considered in signature computation, FALSE otherwise.  
TRUE如果必须在签名计算，FALSE否则视为唯一的系数的符号。


参数：verbose
TRUE to print informative messages, FALSE otherwise.  
TRUE打印翔实的消息，FALSE否则。


值----------Value----------


参数：score
Signature score.
签名得分。


参数：mapping
Mapping used if necessary.
如有必要，测绘使用。


参数：probe
If mapping is performed, this matrix contains the correspondence between the gene list (aka signature) and gene expression data.
如果进行映射，这个矩阵中包含的基因列表（又名签名）和基因表达数据之间的对应关系。


作者（S）----------Author(s)----------



Benjamin Haibe-Kains




参考文献----------References----------




举例----------Examples----------


## load NKI data[＃负载NKI日经指数数据]
data(nkis)
## load GGI signature[＃负载郡智签名]
data(sig.ggi)
## make of ggi signature a gene list[＃GGI签名基因列表]
ggi.gl <- cbind(sig.ggi[ ,c("probe", "EntrezGene.ID")],
  "coefficient"=ifelse(sig.ggi[ ,"grade"] == 1, -1, 1))
## computation of signature scores[＃计算签字分数]
ggi.score <- sig.score(x=ggi.gl, data=data.nkis, annot=annot.nkis,
  do.mapping=TRUE, signed=TRUE, verbose=TRUE)
str(ggi.score)

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