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R语言 genefu包 rescale()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-25 18:51:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
rescale(genefu)
rescale()所属R语言包:genefu

                                         Function to rescale values based on quantiles
                                         功能定标值的基础上位数

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function rescales values x based on quantiles specified by the user such that x' = (x - q1) / (q2 - q1) where q is the specified quantile, q1 = q / 2, q2 = 1 - q/2) and x' are the new rescaled values.
此功能重新调整值x使得x=由用户指定的位数(X  -  Q1)/(Q2  -  Q1),其中q是指定位数的基础上,Q1 = Q / 2,Q2 = 1  -  q / 2)和X是新的重标值。


用法----------Usage----------


rescale(x, na.rm = FALSE, q = 0)



参数----------Arguments----------

参数:x

参数:na.rm
TRUE if missing values should be removed, FALSE otherwise.  
TRUE如果缺失值应该被删除,FALSE否则。


参数:q
Quantile (must lie in [0,1]).  
位数(必须位于[0,1])。


Details

详情----------Details----------

In order to rescale gene expressions, q = 0.05 yielded comparable scales in numerous breast cancer microarray datasets (data not shown).The rational behind this is that, in general, 'extreme cases' (e.g. low and high proliferation, high and low expression of ESR1, ...) are often present in microarray datasets, making the estimation of 'extreme' quantiles quite stable. This is specially true for genes exhibiting some multi-modality like ESR1 or ERBB2.
为了重新调整基因表达,q = 0.05取得可比尺度,在众多的乳腺癌基因芯片数据集(数据未显示)。这背后的理性是,在一般情况下,“极端的情况下(如低和高增殖,高ESR1,低表达...)往往是在芯片集目前,“极端”位数相当稳定的估计。这是专门为参展ESR1或ERBB2的像一些多模态的基因。


值----------Value----------

Vector of rescaled values with two attributes q1 and q1 containing the values of the lower and the upper quantiles respectively.
向量的两个属性q1和q1含有较低值和上层位数分别重标值。


作者(S)----------Author(s)----------



Benjamin Haibe-Kains




参见----------See Also----------

scale
scale


举例----------Examples----------


## load VDX dataset[#加载VDX的数据集]
data(vdxs)
## load NKI dataset[#负载NKI日经指数集]
data(nkis)
## example of rescaling for ESR1 expression[#例子为ESR1表达的重新调整]
par(mfrow=c(2,2))
hist(data.vdxs[ ,"205225_at"], xlab="205225_at", breaks=20,
  main="ESR1 in VDX")
hist(data.nkis[ ,"NM_000125"], xlab="NM_000125", breaks=20,
  main="ESR1 in NKI")
hist((rescale(x=data.vdxs[ ,"205225_at"], q=0.05) - 0.5) * 2,
  xlab="205225_at", breaks=20, main="ESR1 in VDX\nrescaled")
hist((rescale(x=data.nkis[ ,"NM_000125"], q=0.05) - 0.5) * 2,
  xlab="NM_000125", breaks=20, main="ESR1 in NKI\nrescaled")

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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