R语言 genefu包 intrinsic.cluster.predict()函数中文帮助文档(中英文对照)

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intrinsic.cluster.predict(genefu)
intrinsic.cluster.predict()所属R语言包：genefu

                                         Function to identify breast cancer molecular subtypes using the Single Sample Predictor (SSP)
                                         函数来标识使用单一样本的预测（SSP），乳腺癌分子亚型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function identifies the breast cancer molecular subtypes using a Single Sample Predictor (SSP) fitted by intrinsic.cluster.
此功能可识别乳腺癌分子亚型，使用单一样本预测（SSP）的安装由intrinsic.cluster。


用法----------Usage----------


intrinsic.cluster.predict(sbt.model, data, annot, do.mapping = FALSE,
  mapping, do.prediction.strength = FALSE, verbose = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：sbt.model
Subtype Clustering Model as returned by intrinsic.cluster.  
亚型和聚类分析模型返回intrinsic.cluster的。


参数：data
Matrix of gene expressions with samples in rows and probes in columns, dimnames being properly defined.  
矩阵中的行和列的探针样品的基因表达，dimnames被正确定义。


参数：annot
Matrix of annotations with at least one column named "EntrezGene.ID", dimnames being properly defined.  
矩阵至少有一列名为“EntrezGene.ID”的注释，dimnames被正确定义。


参数：do.mapping
TRUE if the mapping through Entrez Gene ids must be performed (in case of ambiguities, the most variant probe is kept for each gene), FALSE otherwise.  
TRUE如果通过Entrez基因ID的映射必须执行（含糊不清的情况下，每个基因保存最变种探针），FALSE否则。


参数：mapping
Matrix with columns "EntrezGene.ID" and "probe" used to force the mapping such that the probes are not selected based on  their variance.  
列“EntrezGene.ID”和“探针”使用强制映射探针没有被选中，根据其方差矩阵。


参数：do.prediction.strength
TRUE if the prediction strength must be computed (Tibshirani and Walther 2005), FALSE otherwise.  
TRUE如果预测强度必须计算（Tibshirani和瓦尔特2005年），FALSE否则。


参数：verbose
TRUE to print informative messages, FALSE otherwise.  
TRUE打印翔实的消息，FALSE否则。


值----------Value----------


参数：subtype
Subtypes identified by the SSP. For published intrinsic gene lists, subtypes can be either "Basal", "Her2", "LumA", "LumB" or "Normal".
由SSP确定亚型。亚型出版的内在基因列表，可以为“基底”，“HER2”，“亮度”，“LumB”或“正常”。


参数：subtype.proba
Probabilities  to belong to each subtype estimated from the correlations to each centroid.
概率属于各亚型的相关性，估计每个重心。


参数：cor
Correlation coefficient to each centroid.
每个重心的相关系数。


参数：prediction.strength
Prediction strength for subtypes.
subtypes强度预测。


参数：subtype.train
Classification (similar to subtypes) computed during fitting of the model for prediction strength.
分类（类似subtypes）在拟合模型预测强度计算。


参数：centroids.map
Mapped probes from the intrinsic gene list used to compute the centroids.
从内在的基因列表的映射探针用于计算的重心。


参数：profiles
Intrinsic gene expression profiles for each sample.
每个样品的内在基因的表达谱。


作者（S）----------Author(s)----------



Benjamin Haibe-Kains




参考文献----------References----------






参见----------See Also----------

intrinsic.cluster, ssp2003, ssp2006, pam50
intrinsic.cluster，ssp2003，ssp2006，pam50


举例----------Examples----------


## load SSP fitted in Sorlie et al. 2003[＃加载装有SSP在Sorlie等。 2003]
data(ssp2003)
## load NKI data[＃负载NKI日经指数数据]
data(nkis)
## SSP2003 applied on NKI[＃SSP2003 NKI日经指数上]
ssp2003.nkis <- intrinsic.cluster.predict(sbt.model=ssp2003,
  data=data.nkis, annot=annot.nkis, do.mapping=TRUE,
  do.prediction.strength=FALSE, verbose=TRUE)
table(ssp2003.nkis$subtype)

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