R语言 genefu包 ggi()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ggi(genefu)
ggi()所属R语言包：genefu

                                         Function to compute the raw and scaled Gene expression Grade Index (GGI)
                                         函数来计算的原料和规模化的基因表达等指数（GGI）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function computes signature scores and risk classifications from gene expression values following the algorithm used for the Gene expression Grade Index (GGI).
此函数计算从基因表达值的签名成绩和风险分类（GGI）的基因表达等指数所使用的算法。


用法----------Usage----------


ggi(data, annot, do.mapping = FALSE, mapping, hg, verbose = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：data
Matrix of gene expressions with samples in rows and probes in columns, dimnames being properly defined.  
矩阵中的行和列的探针样品的基因表达，dimnames被正确定义。


参数：annot
Matrix of annotations with at least one column named "EntrezGene.ID", dimnames being properly defined.  
矩阵至少有一列名为“EntrezGene.ID”的注释，dimnames被正确定义。


参数：do.mapping
TRUE if the mapping through Entrez Gene ids must be performed (in case of ambiguities, the most variant probe is kept for each gene), FALSE otherwise.  
TRUE如果通过Entrez基因ID的映射必须执行（含糊不清的情况下，每个基因保存最变种探针），FALSE否则。


参数：mapping
Matrix with columns "EntrezGene.ID" and "probe" used to force the mapping such that the probes are not selected based on their variance.  
列“EntrezGene.ID”和“探针”使用强制映射探针没有被选中，根据其方差矩阵。


参数：hg
Vector containing the histological grade (HG) status of breast cancer patients in the dataset.  
向量的组织级（HG）DataSet中的乳腺癌患者的状态。


参数：verbose
TRUE to print informative messages, FALSE otherwise.  
TRUE打印翔实的消息，FALSE否则。


值----------Value----------


参数：score
Continuous signature scores
连续签名分数


参数：risk
Binary risk classification, 1 being high risk and 0 being low risk.
二进制风险分类，1是高风险和0是低风险。


参数：mapping
Mapping used if necessary.
如有必要，测绘使用。


参数：probe
If mapping is performed, this matrix contains the correspondence between the gene list (aka signature) and gene expression data.
如果进行映射，这个矩阵中包含的基因列表（又名签名）和基因表达数据之间的对应关系。


作者（S）----------Author(s)----------



Benjamin Haibe-Kains




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

gene76
gene76


举例----------Examples----------


## load GGI signature[＃负载郡智签名]
data(sig.ggi)
## load NKI dataset[＃负载NKI日经指数集]
data(nkis)
## compute relapse score[＃计算复发评分]
ggi.nkis <- ggi(data=data.nkis, annot=annot.nkis, do.mapping=TRUE,
  hg=demo.nkis[ ,"grade"])
table(ggi.nkis$risk)

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