genius(genefu)
genius()所属R语言包：genefu
Function to compute the Gene Expression progNostic Index Using Subtypes (GENIUS) as published by Haibe-Kains et al. 2010
基因表达的预后指标，使用由Haibe-Kains等人所发表的亚型（天才）函数来计算。 2010
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function computes the Gene Expression progNostic Index Using Subtypes (GENIUS) as published by Haibe-Kains et al. 2010. Subtype-specific risk scores are computed for each subtype signature separately and an overall risk score is computed by combining these scores with the posterior probability to belong to each of the breast cancer molecular subtypes.
此函数计算使用由Haibe-Kains等人所发表的亚型（天才）基因表达的预后指标。 2010。亚型特异的风险分数分别计算各亚型签名，并结合这些分数属于每个乳腺癌分子亚型的后验概率计算的整体风险得分。
用法----------Usage----------
genius(data, annot, do.mapping = FALSE, mapping, do.scale = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：data
Matrix of gene expressions with samples in rows and probes in columns, dimnames being properly defined.
矩阵中的行和列的探针样品的基因表达，dimnames被正确定义。
参数：annot
Matrix of annotations with at least one column named "EntrezGene.ID", dimnames being properly defined.
矩阵至少有一列名为“EntrezGene.ID”的注释，dimnames被正确定义。
参数：do.mapping
TRUE if the mapping through Entrez Gene ids must be performed (in case of ambiguities, the most variant probe is kept for each gene), FALSE otherwise.
TRUE如果通过Entrez基因ID的映射必须执行（含糊不清的情况下，每个基因保存最变种探针），FALSE否则。
参数：mapping
Matrix with columns "EntrezGene.ID" and "probe" used to force the mapping such that the probes are not selected based on their variance.
列“EntrezGene.ID”和“探针”使用强制映射探针没有被选中，根据其方差矩阵。
参数：do.scale
TRUE if the ESR1, ERBB2 and AURKA (module) scores must be rescaled (see rescale), FALSE otherwise.
TRUE如果ESR1，ErbB2和AURKA（模块）的成绩必须重新调整（见rescale）FALSE否则。
值----------Value----------
参数：GENIUSM1
Risk score from the ER-/HER2- subtype signature in GENIUS model.
来自在天才模型ER-/HER2-的亚型签名的风险得分。
参数：GENIUSM2
Risk score from the HER2+ subtype signature in GENIUS model.
风险得分从HER2 +亚型签名在天才模型。
参数：GENIUSM3
Risk score from the ER+/HER2- subtype signature in GENIUS model.
从ER + / HER-2亚型天才模型签名的风险得分。
参数：score
Overall risk prediction as computed by the GENIUS model.
整体风险预测由天才模型计算。
作者（S）----------Author(s)----------
Benjamin Haibe-Kains
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
subtype.cluster.predict,sig.score
subtype.cluster.predict，sig.score
举例----------Examples----------
## load NKI dataset[＃负载NKI日经指数集]
data(nkis)
## compute GENIUS risk scores based on GENIUS model fitted on VDX dataset[＃计算的天才风险VDX的集装的天才模型为基础的分数。]
genius.nkis <- genius(data=data.nkis, annot=annot.nkis, do.mapping=TRUE)
str(genius.nkis)
## the performance of GENIUS overall risk score predictions are not optimal[＃天才的整体风险评分预测的表现不理想]
## since only part of the NKI dataset was used[＃以来唯一的NKI日经指数数据集的一部分使用]
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发表于 2012-2-25 18:49:23
