R语言 genefu包 bimod()函数中文帮助文档(中英文对照)

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bimod(genefu)
bimod()所属R语言包：genefu

                                         Function to identify bimodality for gene expression or signature score
                                         功能识别的基因表达或签名得分双峰

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function fits a mixture of two Gaussians to identify bimodality. Useful to identify ER of HER2 status of breast tumors using ESR1 and ERBB2 expressions respectively.
此功能适合两个高斯混合识别双峰。有用的识别乳腺肿瘤ESR1和ErbB2表达分别HER2状态ER。


用法----------Usage----------


bimod(x, data, annot, do.mapping = FALSE, mapping, model = c("E", "V"),
  do.scale = TRUE, verbose = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
Matrix containing the gene(s) in the gene list in rows and at least three columns: "probe", "EntrezGene.ID" and "coefficient" standing for the name of the probe, the NCBI Entrez Gene id and the coefficient giving the direction and the strength of the association of each gene in the gene list.  
矩阵包含的基因列表中的行和至少三列的基因（S）：“探针”，“EntrezGene.ID”和“系数”为探针，在NCBI Entrez基因ID和名称的地位系数给予的方向和强度的基因列表中的每个基因的关联。


参数：data
Matrix of gene expressions with samples in rows and probes in columns, dimnames being properly defined.  
矩阵中的行和列的探针样品的基因表达，dimnames被正确定义。


参数：annot
Matrix of annotations with at least one column named "EntrezGene.ID", dimnames being properly defined.  
矩阵至少有一列名为“EntrezGene.ID”的注释，dimnames被正确定义。


参数：do.mapping
TRUE if the mapping through Entrez Gene ids must be performed (in case of ambiguities, the most variant probe is kept for each gene), FALSE otherwise.  
TRUE如果通过Entrez基因ID的映射必须执行（含糊不清的情况下，每个基因保存最变种探针），FALSE否则。


参数：mapping
Matrix with columns "EntrezGene.ID" and "probe" used to force the mapping such that the probes are not selected based on  their variance.  
列“EntrezGene.ID”和“探针”使用强制映射探针没有被选中，根据其方差矩阵。


参数：model
Model name used in Mclust.  
型号名称使用Mclust。


参数：do.scale
TRUE if the gene expressions or signature scores must be rescaled (see rescale), FALSE otherwise.  
TRUE如果基因表达或签名成绩必须重新调整（见rescale）FALSE否则。


参数：verbose
TRUE to print informative messages, FALSE otherwise.  
TRUE打印翔实的消息，FALSE否则。


参数：...
Additional parameters to pass to sig.score.  
额外的参数来传递sig.score。


值----------Value----------


参数：status
Status being 0 or 1.
状态0或1。


参数：status1.proba
Probability p to be of status 1, the probability to be of status 0 being 1-p.
概率p是状态1的概率是状态是1-P 0。


参数：gaussians
Matrix of parameters fitted in the mixture of two Gaussians. Matrix of NA values if EM algorithm did not converge.
装在两个高斯混合矩阵参数。矩阵的NA值，如果没有EM算法收敛。


参数：BIC
Values (gene expressions or signature scores) used to identify bimodality.
值（基因表达或签名分数）用于识别双峰。


参数：BI
Bimodality Index (BI) as defined by Wang et al., 2009.
双峰指数（BI），王等人的定义。，2009。


参数：x
Values (gene expressions or signature scores) used to identify bimodality.
值（基因表达或签名分数）用于识别双峰。


作者（S）----------Author(s)----------



Benjamin Haibe-Kains




参考文献----------References----------






参见----------See Also----------

Mclust
Mclust


举例----------Examples----------


## load NKI data[＃负载NKI日经指数数据]
data(nkis)
## load gene modules from Desmedt et al. 2008[＃加载Desmedt等基因模块。 2008]
data(mod1)
## retrieve esr1 affy probe and Entrez Gene id [＃检索ESR1 affy探针和Entrez基因身份证。]
esr1 <- mod1$ESR1[1, ,drop=FALSE]
## computation of signature scores[＃计算签字分数]
esr1.bimod <- bimod(x=esr1, data=data.nkis, annot=annot.nkis, do.mapping=TRUE,
  model="V", verbose=TRUE)
table("ER.IHC"=demo.nkis[ ,"er"], "ER.GE"=esr1.bimod$status)

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