R语言 genefilter包 filtered_p()函数中文帮助文档(中英文对照)

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filtered_p(genefilter)
filtered_p()所属R语言包：genefilter

                                         Compute and adjust p-values, with filtering
                                         p值计算和调整，与过滤

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given filter and test statistics in the form of unadjusted p-values, or functions able to compute these statistics from the data, filter and then correct the p-values across a range of filtering stringencies.
未经调整的P-值，或能够计算这些统计数据，从数据的功能，过滤和形式的统计给定的过滤器和测试，然后纠正的跨越过滤stringencies范围内的p-值。


用法----------Usage----------


filtered_p(filter, test, theta, data, method = "none")
filtered_R(alpha, filter, test, theta, data, method = "none")



参数----------Arguments----------

参数：alpha
A cutoff to which p-values, possibly adjusted for multiple testing, will be compared.  
截止到P-值，可能为多个测试调整，将进行比较。


参数：filter
A vector of stage-one filter statistics, or a function which is able to compute this vector from data, if data is supplied.  
一个阶段一个过滤器的统计，或一个函数，它是能够计算向量，从data如果data提供向量。


参数：test
A vector of unadjusted p-values, or a function which is able to compute this vector from the filtered portion of data, if data is supplied. The option to supply a function is useful when the value of the test statistic depends on which hypotheses are filtered out at stage one. (The limma t-statistic is an example.)   
未经调整的p值的向量，或一个函数，它是能够计算这个向量，过滤部分data如果data提供。提供一个功能选项是非常有用的，当检验统计量的值取决于该假说是在第一阶段筛选。 （limmat-统计就是一个例子。）


参数：theta
A vector with one or more filtering fractions to consider. Actual cutoffs are then computed internally by applying quantile to the filter statistics contained in (or produced by) the filter argument.  
与一个或多个过滤分数考虑的向量。实际截断，然后计算国内申请quantile（或产生）filter参数中的过滤器统计。


参数：data
If filter and/or test are functions rather than vectors of statistics, they will be applied to data. The functions will be passed the whole data object, and must work over rows, etc. themselves as appropriate.  
如果filter和/或test，而不是矢量统计功能，它们将被应用到data。的职能将通过整个data对象，必须超过行，等自己适当的工作。


参数：method
The unadjusted p-values contained in (or produced by) test will be adjusted for multiple testing after filtering, using the p.adjust function in the stats package. See the method argument there for options.  </table>
未经调整包含在P-值（或生产），test将调整为多次测试筛选后，使用p.adjust包stats函数。见method参数有选择。 </ TABLE>


值----------Value----------

For filtered_p, a matrix of p-values, possible adjusted for multiple testing, with one row per null hypothesis and one column per filtering fraction given in theta. For a given column, entries which have been filtered out are NA.
为filtered_p，p值矩阵，调整为多个测试一行每虚无假设每一个过滤分数列在theta。对于一个给定列，已筛选出的项目NA。

For filtered_R, a count of the entries in the filtered_p result which are less than alpha.
filtered_R，这是比filtered_palpha结果中的条目计数。


作者（S）----------Author(s)----------


Richard Bourgon &lt;bourgon@ebi.ac.uk&gt;



参见----------See Also----------

See rejection_plot for visualization of filtered_p results.
看到rejection_plotfiltered_p结果的可视化。


举例----------Examples----------


# See the vignette: Diagnostic plots for independent filtering[看到小插曲：独立筛选诊断图]

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