R语言 GeneExpressionSignature包 integratePRL()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

integratePRL(GeneExpressionSignature)
integratePRL()所属R语言包：GeneExpressionSignature

                                        Updating an existing dataset with new sample.
                                         更新现有数据集与新的样本。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compute new enrichment score and distances among new PRL and previous PRLs in the existing dataset.
计算新的铀浓缩得分和新PRL和以前在现有数据集PRLs之间的距离。


用法----------Usage----------


integratePRL(ES, PRL, newPRL, qlen)



参数----------Arguments----------

参数：ES
an ExpressionSet, array data is the existing enrichment score matrix  
ExpressionSet，阵列中的数据是现有的浓缩得分矩阵


参数：PRL
the existing PRLs correspond to the ES  
现有PRLs对应的ES


参数：newPRL
the PRL which you want to integrate to the existing PRLs   
泌乳素想要集成到现有的PRLs


参数：qlen
the length of the gene signature  
基因签名的长度


Details

详情----------Details----------

This function can integrate the new PRL into the previous PRLs to get the new enrichment score and distances matrix.
此功能可以融入前PRLs的新泌乳素得到新的充实得分和距离矩阵。


值----------Value----------


参数：newPRLs
an ExpressionSet, assay data is the PRL which new PRL have been integrated
ExpressionSet，检测数据是新泌乳素已经集成泌乳素


参数：newES
an ExpressionSet, assay data is the integrated new ES matrix
ExpressionSet，实验数据是集成的全新ES矩阵


参数：newdistance
an ExpressionSet, assay data is the integrated new distance matrix
ExpressionSet，检测数据集成新的距离矩阵


参见----------See Also----------

quickenrichmentscore
quickenrichmentscore


举例----------Examples----------


## create an instance ExpressionSet[＃创建一个实例ExpressionSet]
library(Biobase)
PRLs=as.matrix(read.table(system.file("extdata/example_PRLs.txt",package="GeneExpressionSignature")))
states=read.table(system.file("extdata/example_states.txt",package="GeneExpressionSignature"))
rownames(states)=colnames(PRLs)
phenodata=new("AnnotatedDataFrame",data = states)
exampleSet=new("ExpressionSet",exprs=PRLs,phenoData=phenodata)

## aggregate the exampleSet [＃聚合的exampleSet]
PRL=aggregate(exampleSet)

## compute distances and ES from aggregated matrix[＃从聚合矩阵计算的距离和ES]
d=distances(PRL,250)
ES=d[[1]]
distance=d[[2]]

## integrate new PRL to get newES and newdistances [＃集成新的的泌乳素到newES和newdistances]
newPRL<- PRL[,2]
d <- integratePRL(ES,PRL,newPRL,250)
newES <- d[[2]]
newdistance <- d[[3]]


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