R语言 GeneAnswers包 getConceptTable()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getConceptTable(GeneAnswers)
getConceptTable()所属R语言包：GeneAnswers

                                         Generate top concepts-genes table
                                         产生最佳概念基因表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to generate a top concepts-genes table based on a given GeneAnswers instance list.
函数生成一个顶级概念基因表的基础上GeneAnswers实例列表。


用法----------Usage----------


getConceptTable(gAList, topCat=10, items=c('both', 'geneNum', 'pvalue'),  sortBy = c('pvalue', 'geneNum', 'foldChange', 'oddsRatio', 'correctedPvalue'), catTerm=TRUE, strict=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：gAList
a GeneAnswers instance list  
1 GeneAnswers实例列表


参数：topCat
a numeric or string vector specified categories   
一个数字或字符串向量指定的类别


参数：items
specify the contents in cells, see details  
指定单元格的内容，查看详细信息


参数：sortBy
sorted type  
排序类型


参数：catTerm
a logic value to specify whether mapping category IDs to category names  
一个逻辑值，指定是否映射的类别ID类别名称


参数：strict
logic value to stop conversion if NA is introduced.  
逻辑值，如果NA引入停止转换。


Details

详情----------Details----------

A list containing two top concepts-genes tables is generated. The first table consists of gene amounts and enrichment test p values if 'items' is set to 'both'.  Only gene amounts are kept if items is set to 'geneNum' or enrichment test p values if it is set to 'p values', while the second table contains enrichment test p values
生成一个列表，其中包含两个顶级概念基因表。如果“项目”设置为“两个”第一表组成的基因数量和浓缩检验P值。唯一的基因数量是保持如果项目设置为“geneNum”或浓缩检验的P值，如果它被设置为“P值”，而第二个表中含有浓缩检验P值


值----------Value----------

return a concepts-genes matrix list.
返回一个概念，基因矩阵列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Gang Feng, Pan Du and Simon Lin



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


data(sampleGroupsData)
gAKEGGL <- lapply(sampleGroupsData, geneAnswersBuilder, 'org.Hs.eg.db', categoryType='KEGG', pvalueT=0.1, verbose=FALSE)
output<- getConceptTable(gAKEGGL)  

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注：
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