R语言 GeneAnswers包 geneAnswersConcepts()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

geneAnswersConcepts(GeneAnswers)
geneAnswersConcepts()所属R语言包：GeneAnswers

                                         Concept-Gene Networking Plotting
                                         概念基因网络绘制

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function to generate a concept-gene network by given gene information
函数生成一个给定的基因信息的概念，基因网络


用法----------Usage----------


geneAnswersConcepts(x, centroidSize=c('geneNum', 'pvalue', 'foldChange', 'oddsRatio', 'correctedPvalue'), output=c('fixed','interactive'), showCats=c(1:5), catTerm=FALSE, catID=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
a GeneAnswers instance.  
1 GeneAnswers实例。


参数：centroidSize
type to represent the size of concepts.  
类型来表示大小的概念。


参数：output
output type of final output.  
最终输出的输出类型。


参数：showCats
a numeric or string vector specified categories   
一个数字或字符串向量指定的类别


参数：catTerm
a logic value to specify whether mapping category IDs to category names  
一个逻辑值，指定是否映射的类别ID类别名称


参数：catID
a logic value to specify whether show category IDs when catTerm is set to TRUE  
一个逻辑值，指定是否显示类别ID设置为TRUE时catTerm


Details

详情----------Details----------

centroidSize could be one of "geneNum", "pvalue", "foldChange", "oddsRatio", "correctedPvalue". Each one defines to which the size of cencept dot is proportional geneNum: number of genes connecting to the concept pvalue: p value of enrichment test foldChange: fold of gene overrepresent in concepts oddsRatio: odds ratio of enrichment test         correctedPvalue: adjusted p value of enrichment test output defines whether the final figure is interactive or not. Interactive figure calls igraph package to generate a tck/tk canvas. Fixed figure is a non-interactive png figure.
centroidSize可能是一个“geneNum”，“pvalue”，“foldChange”，“oddsRatio”，“correctedPvalue”。每一个定义的cencept点的大小是成正比的geneNum：连接基因的概念pvalue的：P浓缩试验foldChange价值：基因倍overrepresent的概念oddsRatio：浓缩试验correctedPvalue胜算比：充实调整后的P值测试输出定义是否是互动的，或不是最后的数字。互动数字调用IGRAPH包，生成一个TCK / TK的画布。固定的数字，是一个非交互式的PNG图。


值----------Value----------

One category-linkage figure is generated. It could be a R figure or tcltk figure depends on how the user set parameter output.
产生的一类连锁图。这可能是一个R图或tcltk数字取决于用户如何设置参数输出。


作者（S）----------Author(s)----------


Gang Feng, Pan Du and Simon Lin



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


example(GeneAnswers)
## Not run: geneAnswersConcepts(x, centroidSize='pvalue', output='interactive')[＃运行：geneAnswersConcepts（X，centroidSize =pvalue，输出=互动）]

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