R语言 GeneAnswers包 geneAnswersConceptNet()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

geneAnswersConceptNet(GeneAnswers)
geneAnswersConceptNet()所属R语言包：GeneAnswers

                                         Concept-Gene Networking Plotting
                                         概念基因网络绘制

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function to generate a concept-gene network by given gene information
函数生成一个给定的基因信息的概念，基因网络


用法----------Usage----------


geneAnswersConceptNet(x, colorValueColumn = NULL, centroidSize = c("pvalue", "geneNum", "foldChange", "oddsRatio", "correctedPvalue"), output = c("fixed", "interactive", "none"), showCats=c(1:5), geneLayer=1, edgeM=NULL, catTerm=FALSE, geneSymbol=FALSE, catID=FALSE, nameLength='all', ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
a GeneAnswers instance.  
1 GeneAnswers实例。


参数：colorValueColumn
number or column name of geneInput slot to specify the colors of leaves  
geneInput插槽数或列名来指定树叶的颜色


参数：centroidSize
type to represent the size of concepts.  
类型来表示大小的概念。


参数：output
output type of final output.  
最终输出的输出类型。


参数：showCats
a numeric or string vector specified categories   
一个数字或字符串向量指定的类别


参数：geneLayer
an integer, specify how many layers of genes connecting to concepts
一个整数，指定如何多层次的基因连接到概念


参数：edgeM
a 2-column Matrix representing a network   
2列的矩阵网络


参数：catTerm
a logic value to specify whether mapping category IDs to category names  
一个逻辑值，指定是否映射的类别ID类别名称


参数：geneSymbol
a logic value to specify whether mapping gene IDs to gene symbols  
一个逻辑值，指定是否映射基因标识基因符号


参数：catID
a logic value to specify whether show category IDs when catTerm is set to TRUE  
一个逻辑值，指定是否显示类别ID设置为TRUE时catTerm


参数：nameLength
show how many first letters for long term names, 'all' for full name  
显示术语的名字多少的第一个字母，“所有”的全名


参数：...
other parameters used by 'geneConceptNet'  
使用geneConceptNet“的其他参数


Details

详情----------Details----------

colorValueColumn specifies which column of the geneInput of the GeneAnswers instance is used for color of nodes. centroidSize could be one of "geneNum", "pvalue", "foldChange", "oddsRatio", "correctedPvalue". Each one defines to which the size of cencept dot is proportional geneNum: number of genes connecting to the concept pvalue: p value of enrichment test foldChange: fold of gene overrepresent in concepts oddsRatio: odds ratio of enrichment test         correctedPvalue: adjusted p value of enrichment test output defines whether the final figure is interactive or not. Interactive figure calls igraph package to generate a tck/tk canvas. Fixed figure is a non-interactive png figure. None will not output any figure but a list.  See details in geneConceptNet
colorValueColumn指定节点颜色的的GeneAnswers实例geneInput列。 centroidSize可能是一个“geneNum”，“pvalue”，“foldChange”，“oddsRatio”，“correctedPvalue”。每一个定义的cencept点的大小是成正比的geneNum：连接基因的概念pvalue的：P浓缩试验foldChange价值：基因倍overrepresent的概念oddsRatio：浓缩试验correctedPvalue胜算比：充实调整后的P值测试输出定义是否是互动的，或不是最后的数字。互动数字调用IGRAPH包，生成一个TCK / TK的画布。固定的数字，是一个非交互式的PNG图。没有人会不输出任何人士，而是一个列表。看到geneConceptNet细节


值----------Value----------

One concept-gene figure is generated. It could be a R figure or tcltk figure depends on how the user set parameter output.
产生一个概念，基因图。这可能是一个R图或tcltk数字取决于用户如何设置参数输出。


作者（S）----------Author(s)----------


Gang Feng, Pan Du and Simon Lin



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


example(GeneAnswers)
## Not run: geneAnswersConceptNet(x, colorValueColumn='foldChange', centroidSize='pvalue', output='interactive')[＃运行：geneAnswersConceptNet（X，colorValueColumn =foldChange“的，centroidSize =pvalue”，输出=互动）]

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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。