R语言 gene2pathway包 test.overrepresentation()函数中文帮助文档(中英文对照)

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test.overrepresentation(gene2pathway)
test.overrepresentation()所属R语言包：gene2pathway

                                         Test statistical overrepresentation of KEGG pathways in a list of genes
                                         测试统计人数过多KEGG通路中的基因列表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Test the statistical overrepresentation of KEGG pathways in a group of genes using Fisher's exact test. The analysis can either be based on all KEGG pathways predicted by gene2pathway/gene2pathway.signaltrans or on original KEGG annotation only.
测试在一组采用Fisher精确检验的基因KEGG途径的统计比例过高。可以根据所有gene2pathway/gene2pathway.signaltrans或原KEGG注释预测的KEGG通路分析。


用法----------Usage----------


test.overrepresentation(genesOfInterest, predpath, KEGGonly=FALSE, cutoff=0.1, min.conf=0.9, adj.method="BY", mc.cores=8)



参数----------Arguments----------

参数：genesOfInterest
a character vector of gene identifiers (see gene2pathway, gene2pathway.signaltrans) for a gene list of interest
基因标识的特征向量（见gene2pathway，gene2pathway.signaltrans）一个感兴趣的基因列表


参数：predpath
predictions of gene2pathway or gene2pathway.signaltrans
预测gene2pathway或gene2pathway.signaltrans


参数：KEGGonly
use KEGG annotation only
只使用KEGG注释


参数：cutoff
p-value significance cutoff
p值的意义截止


参数：min.conf
filter predictions such that only those with a confidence score > min.conf are considered
滤波器的预测，认为只有那些与信心分数> min.conf


参数：adj.method
multiple testing correction method. Default: Benjamini-Yekutieli
多次测试修正方法。默认：Benjamini-Yekutieli


参数：mc.cores
number of cores to use for parallelization; requires package 'doMC' to be loaded
要求包“doMC要加载核心并行使用;


值----------Value----------

Table with two columns: KEGG pathway and adjusted p-value (adjustment according to Benjamini-Yekutieli)
表有两列：KEGG通路和调整（调整根据Benjamini-Yekutieli的p值）

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