R语言 gene2pathway包 getComponents()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getComponents(gene2pathway)
getComponents()所属R语言包：gene2pathway

                                        KEGG pathway information
                                         KEGG通路信息

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

1. get connected pathway components; 2. get all elements of a given pathway; 3. color certain elements in a pathway.
1。得到连接通路的组成部分; 2。所有元素的一个给定的途径; 3。颜色的某些元素的途径。


用法----------Usage----------


getComponents(pathway.id, organism="hsa")

get.elements.by.pathway(pathway.id)

color.pathway.by.elements(pathway.id, elements)



参数----------Arguments----------

参数：pathway.id
KEGG pathway ID, e.g. "path:hsa04012"
KEGG通路ID，例如： “路径：hsa04012”


参数：organism
organism according to 3-letter KEGG abbreviation
根据3个字母的有机体KEGG缩写


参数：elements
KEGG element IDs: character vector of numbers
KEGG元素ID：字符数字向量


Details

详情----------Details----------

All functions use the KEGG SOAP service.
所有的功能使用KEGG SOAP服务。


值----------Value----------

getComponents: a list with the entries
getComponents：条目列表


参数：geneIDs
Entrez gene IDs mapping to each pathway component
Entrez基因标识映射到每个通路的组成部分


参数：elemIDs
KEGG element IDs mapping to each pathway component
KEGG元素ID映射到每个通路的组成部分

get.elements.by.pathway: list, see <URL http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi\_manual.html> for details
get.elements.by.pathway：列表，详见<URL http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi\_manual.html>

color.pathway.by.elements: an URL of a colored gif file, see <URL http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi\_manual.html> for details
color.pathway.by.elements：一个彩色的gif文件的URL，<URL细节http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi\_manual.html>


作者（S）----------Author(s)----------


Holger Froehlich



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
  comp = getComponents("path:hsa04020") # get all connected components[获得所有连接的组件]
  color.pathway.by.elements("path:hsa04020", comp$elemIDs[[2]]) # mark first component[标记的第一个组件]

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。