R语言 genArise包 imageLimma()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

imageLimma(genArise)
imageLimma()所属R语言包：genArise

                                        Image Plot of Microarray
                                         微阵列图像图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot an image of colours representing the log intensity ratio for each  spot on the array. This function can be used to explore whether there are any spatial effects in the data.
绘制图像的代表log强度比为阵列上的每个点的颜色。可以使用此功能，以探讨是否有数据中的任何空间效果。


用法----------Usage----------


imageLimma(z, row, column, meta.row, meta.column,
low = NULL, high = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：z
numeric vector or array. This vector can contain any spot statistics, such as log intensity ratios, spot sizes or shapes, or t-statistics. Missing values  are allowed and will result in blank spots on the image  
数值向量或数组。这个向量可以包含任何现场统计，如log强度的比值，光斑尺寸或形状，或t-统计。遗漏值是允许的，将导致在图像上的空白点


参数：row
rows in the microarray  
行中的芯片


参数：column
columns in the microarray  
列中的芯片


参数：meta.row
metarows in the microarray
在该芯片的metarows


参数：meta.column
metacolumns in the microarray
在该芯片的metacolumns


参数：low
color associated with low values of 'z'. May be specified as a character string  such as '"green"', '"white"' etc, or as a rgb vector in which 'c(1,0,0)' is red,  'c(0,1,0)' is green and 'c(0,0,1)' is blue. The default value is '"green"' if 'zerocenter=T' or '"white"' if 'zerocenter=F'.
颜色与“Z”值低。可作为指定的字符串如“绿色”，“白”等，或在“C（1,0,0）是红色为RGB向量，C（0,1 ，0）绿色C（0,0,1）是蓝色的。默认值是“绿色”，“如果zerocenter = T”或“”白“”如果zerocenter = F“。


参数：high
color associated with high values of 'z'. The default value is '"red"' if 'zerocenter=T' or '"blue"' if 'zerocenter=F'.
颜色与“Z”的高值。默认值是“”红“”如果zerocenter = T或“蓝色”如果zerocenter = F“。


注意----------Note----------

This function is based in the imageplot function from limma package.
此功能是基于在从limma包imageplot功能。


参考文献----------References----------

Assessing Differential Expression in Microarray Experiments", Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology: Vol. 3: No. 1, Article 3. http://www.bepress.com/sagmb/vol3/iss1/art3

举例----------Examples----------


data(Simon)
spot.data <- attr(Simon, "spotData")
M <- log(spot.data$Cy5, 2) - log(spot.data$Cy3, 2)
imageLimma(z = M, row = 23, column = 24, meta.row = 2, meta.column = 2,
low = NULL, high = NULL)

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